作者FENOR (FENOR)
看板Biotech
標題[討論] PCR product size
時間Fri Aug 5 22:14:38 2011
這其實算是遇到過比較神奇的問題，
當初預計要PCR的gene ORF有大約600bp，
最後PCR出來卻只有大約300，結果接起來送定序居然是全對的。
其實比較好奇的是:有其他人遇到過類似的問題嗎?
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.135.165
1F：→ chvkimo:300 bp 接起來 送定序 變 600 bp 全對? 08/06 21:27
2F：→ chl20020933:沒頭沒尾的要討論啥? 08/06 23:46
就是PCR出來的產物，在agarose gel上對marker之後，
顯示的size只有300bp多一些，可是後來還是把這條band切下來接近vector去，
最後送定序回來的結果卻是整個gene 600bp都有接進去。
※ 編輯: FENOR 來自: 140.112.135.165 (08/07 03:28)
3F：推 Realthugz:跑錯marker? 對錯marker圖? 你有把接進去的切下來看過嗎 08/07 08:28
4F：→ chl20020933:樓上一針見血 08/07 17:44
當時同時跑的還有另外兩個gene，對起來的size是沒問題的，
所以我想不是對錯marker圖。
至於接近去的切下來跑，跑一跑還是在300多，這個gene發生的事情困擾我蠻久的，
畢竟其他的gene並沒有類似情形。
※ 編輯: FENOR 來自: 140.112.135.165 (08/07 19:30)
5F：推 Ianthegood:多了一個RE site? 08/07 21:16
6F：→ blence:我比較好奇當初PCR-gel看到300bp,怎麼還會想接進vector？ 08/07 22:06
7F：→ chl20020933:marker是純化的DNA fragment PCR product鹽濃度高 可 08/07 23:03
8F：→ chl20020933:能是其中一個問題。另一個問題是300跟600在1%以下gel 08/07 23:04
9F：→ chl20020933:很接近。其他因為GC contain 應該不會差到一倍 08/07 23:05
10F：→ chl20020933:除非你的DNA有結構上的問題 08/07 23:05
11F：→ chl20020933:不然就像lanthegood說的 RE會切到你的insert DNA 08/07 23:08
12F：→ chl20020933:上面打錯 是content 08/07 23:24
13F：→ nike77114:我也很好奇看到300怎還會想接回去看@@? 08/07 23:52
14F：→ chl20020933:可能是純興趣吧 有時候未知的fragment我也會clone 08/08 02:32
15F：→ chl20020933:然後定序看是什麼 畢竟現在做這不貴 08/08 02:32
16F：→ Ianthegood:一般的TAE或TBE本身的鹽濃度都高到不太會有這種差異 08/08 08:39
17F：→ Ianthegood:除非妳是用SB或是LA這種很不鹹的buffer system 08/08 08:39
18F：→ Ianthegood:還有600左右的dsDNA有辦法造成結構問題...? 08/08 08:40
19F：→ Ianthegood:還有樓上 我的唉滴開頭是i XD 08/08 08:41
20F：→ chl20020933:我眼殘 orz 08/08 14:17