作者FENOR (FENOR)
看板Biotech
标题[讨论] PCR product size
时间Fri Aug 5 22:14:38 2011
这其实算是遇到过比较神奇的问题，
当初预计要PCR的gene ORF有大约600bp，
最後PCR出来却只有大约300，结果接起来送定序居然是全对的。
其实比较好奇的是:有其他人遇到过类似的问题吗?
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◆ From: 140.112.135.165
1F：→ chvkimo:300 bp 接起来 送定序 变 600 bp 全对? 08/06 21:27
2F：→ chl20020933:没头没尾的要讨论啥? 08/06 23:46
就是PCR出来的产物，在agarose gel上对marker之後，
显示的size只有300bp多一些，可是後来还是把这条band切下来接近vector去，
最後送定序回来的结果却是整个gene 600bp都有接进去。
※ 编辑: FENOR 来自: 140.112.135.165 (08/07 03:28)
3F：推 Realthugz:跑错marker? 对错marker图? 你有把接进去的切下来看过吗 08/07 08:28
4F：→ chl20020933:楼上一针见血 08/07 17:44
当时同时跑的还有另外两个gene，对起来的size是没问题的，
所以我想不是对错marker图。
至於接近去的切下来跑，跑一跑还是在300多，这个gene发生的事情困扰我蛮久的，
毕竟其他的gene并没有类似情形。
※ 编辑: FENOR 来自: 140.112.135.165 (08/07 19:30)
5F：推 Ianthegood:多了一个RE site? 08/07 21:16
6F：→ blence:我比较好奇当初PCR-gel看到300bp,怎麽还会想接进vector？ 08/07 22:06
7F：→ chl20020933:marker是纯化的DNA fragment PCR product盐浓度高 可 08/07 23:03
8F：→ chl20020933:能是其中一个问题。另一个问题是300跟600在1%以下gel 08/07 23:04
9F：→ chl20020933:很接近。其他因为GC contain 应该不会差到一倍 08/07 23:05
10F：→ chl20020933:除非你的DNA有结构上的问题 08/07 23:05
11F：→ chl20020933:不然就像lanthegood说的 RE会切到你的insert DNA 08/07 23:08
12F：→ chl20020933:上面打错 是content 08/07 23:24
13F：→ nike77114:我也很好奇看到300怎还会想接回去看@@? 08/07 23:52
14F：→ chl20020933:可能是纯兴趣吧 有时候未知的fragment我也会clone 08/08 02:32
15F：→ chl20020933:然後定序看是什麽 毕竟现在做这不贵 08/08 02:32
16F：→ Ianthegood:一般的TAE或TBE本身的盐浓度都高到不太会有这种差异 08/08 08:39
17F：→ Ianthegood:除非你是用SB或是LA这种很不咸的buffer system 08/08 08:39
18F：→ Ianthegood:还有600左右的dsDNA有办法造成结构问题...? 08/08 08:40
19F：→ Ianthegood:还有楼上 我的唉滴开头是i XD 08/08 08:41
20F：→ chl20020933:我眼残 orz 08/08 14:17