作者vickyabcd (singing)
看板Biotech
標題[求救] protein-protein interaction問題
時間Wed Jul 20 10:52:33 2011
我將 SDS-PAGE 上約 85KDa處的蛋白進行挖膠、in gel digestion
並送至生技公司進行 LC/MS/MS
得到分子量約 70KDa的 putative蛋白
但是 我用來純化此蛋白的tag分子量大小約30-40 Kda
若是 MS 分析正確，則必須解釋為何 70KDa+ 30KDa 小於 85KDa?
為了證明 MS 結果正確性，我又多送一次 LC/MS/MS分析，並得到相同的putative結果
以目前結果來看，我蠻確定此蛋白為我目標蛋白
但是，就是沒辦法解釋為何 70KDa+ 30KDa 會小於 85KDa?
懇請請板上的強者替我解答
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.52.104
1F：推 milkpa:30kDa的蛋白是tag還是beit？ 07/20 12:26
2F：→ vickyabcd:是tag 07/20 13:26
3F：推 bluecsky:你tag N端還C端? 如果是C端 你有送看看N端定序嗎? 07/20 20:42
4F：→ bluecsky:簡單想法就是你純化的蛋白可能部分已經degrade掉了啦 07/20 20:43
5F：→ bluecsky:另一個想法是 你看到85KDa是單純從protein marker看的? 07/20 20:44
6F：→ bluecsky:根據SDS-PAGE的原理 其實有時候並不會正確跑到該有位置 07/20 20:51
7F：→ bluecsky:因為蛋白本身的電荷跟是否有modify等等影響還不小 07/20 20:52
8F：→ bluecsky:如果是degrade的話 你可能就需要N端C端都一個tag 07/20 20:53
9F：→ bluecsky:然後做兩次連續的純化 07/20 20:53
10F：→ vickyabcd:感謝大大的解答! 我問到的解釋大多也是degrade掉了 07/21 00:01
11F：→ vickyabcd:雖然這是不願意接受的事情XD 再次感謝大大解答!! 07/21 00:01
12F：→ echo:SDS-PAGE決定分子量是"非常不準確，但是堪用"的方式 07/21 01:25
13F：→ echo:請小心服用 07/21 01:26