作者vickyabcd (singing)
看板Biotech
标题[求救] protein-protein interaction问题
时间Wed Jul 20 10:52:33 2011
我将 SDS-PAGE 上约 85KDa处的蛋白进行挖胶、in gel digestion
并送至生技公司进行 LC/MS/MS
得到分子量约 70KDa的 putative蛋白
但是 我用来纯化此蛋白的tag分子量大小约30-40 Kda
若是 MS 分析正确，则必须解释为何 70KDa+ 30KDa 小於 85KDa?
为了证明 MS 结果正确性，我又多送一次 LC/MS/MS分析，并得到相同的putative结果
以目前结果来看，我蛮确定此蛋白为我目标蛋白
但是，就是没办法解释为何 70KDa+ 30KDa 会小於 85KDa?
恳请请板上的强者替我解答
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.52.104
1F：推 milkpa:30kDa的蛋白是tag还是beit？ 07/20 12:26
2F：→ vickyabcd:是tag 07/20 13:26
3F：推 bluecsky:你tag N端还C端? 如果是C端 你有送看看N端定序吗? 07/20 20:42
4F：→ bluecsky:简单想法就是你纯化的蛋白可能部分已经degrade掉了啦 07/20 20:43
5F：→ bluecsky:另一个想法是 你看到85KDa是单纯从protein marker看的? 07/20 20:44
6F：→ bluecsky:根据SDS-PAGE的原理 其实有时候并不会正确跑到该有位置 07/20 20:51
7F：→ bluecsky:因为蛋白本身的电荷跟是否有modify等等影响还不小 07/20 20:52
8F：→ bluecsky:如果是degrade的话 你可能就需要N端C端都一个tag 07/20 20:53
9F：→ bluecsky:然後做两次连续的纯化 07/20 20:53
10F：→ vickyabcd:感谢大大的解答! 我问到的解释大多也是degrade掉了 07/21 00:01
11F：→ vickyabcd:虽然这是不愿意接受的事情XD 再次感谢大大解答!! 07/21 00:01
12F：→ echo:SDS-PAGE决定分子量是"非常不准确，但是堪用"的方式 07/21 01:25
13F：→ echo:请小心服用 07/21 01:26