作者tingyi ( 新目標 新方向)
看板Biotech
標題[求救] 尋找Transcription factor可能的binding site
時間Mon Jul 11 18:53:55 2011
目前研究的蛋白是一個轉錄因子
老師想要利用CHIP去看他會跟那一段序列結合
所以要我先利用軟體predict有哪些可能的binding site
但一方面大多數的人都是已知序列
去找可能binding上的轉錄因子
而我剛好相反 是已知蛋白想找可能會binding的序列
另一方面 看不太懂一些transcription factor binding site database
不知道有沒有人可以給我一些意見
謝謝~~~
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◆ From: 140.112.125.66
1F：→ Godkin:如果是已知蛋白, 那就有序列, 輸入網站或是軟體 07/11 21:10
2F：→ Godkin:自然就得到有可能的TFBS囉~ 07/11 21:10
3F：→ tingyi:輸入蛋白質序列嗎? 但網站上大多都是輸入DNA序列去找蛋白 07/11 22:36
4F：→ tingyi:有可以輸入蛋白質序列找binding site的網站嗎?? 07/11 22:37
5F：推 gloclovlo:記得有TFsearch 這個網站 07/11 22:52
6F：→ tingyi:但是TFsearch也是要輸入DNA序列去找TF,但是我想要找的是 07/11 23:35
7F：→ tingyi:我的TF會去binding在甚麼基因上得甚麼序列 07/11 23:35
8F：推 milkpa:TF會binding的sequence就是某些特定序列，含有這些序列的 07/11 23:47
9F：→ milkpa:基因都有可能，要都預測出來，不太容易，用釣的再去驗證， 07/11 23:48
10F：→ milkpa:還比較實際。 07/11 23:48
11F：推 Realthugz:直接CHIP再P那些片段出來不是比較實際? 07/12 00:42
12F：→ tingyi:是要做CHIP沒錯,但是要先有probe跟primer才能P呀~~~ 07/12 09:59
14F：→ Realthugz:再來個microarray 07/12 10:35
15F：→ tingyi:R大,這個好像還不賴ㄟ~~感謝你捏!!讓我好好研究一下^^ 07/13 23:25