作者tingyi ( 新目标 新方向)
看板Biotech
标题[求救] 寻找Transcription factor可能的binding site
时间Mon Jul 11 18:53:55 2011
目前研究的蛋白是一个转录因子
老师想要利用CHIP去看他会跟那一段序列结合
所以要我先利用软体predict有哪些可能的binding site
但一方面大多数的人都是已知序列
去找可能binding上的转录因子
而我刚好相反 是已知蛋白想找可能会binding的序列
另一方面 看不太懂一些transcription factor binding site database
不知道有没有人可以给我一些意见
谢谢~~~
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.125.66
1F：→ Godkin:如果是已知蛋白, 那就有序列, 输入网站或是软体 07/11 21:10
2F：→ Godkin:自然就得到有可能的TFBS罗~ 07/11 21:10
3F：→ tingyi:输入蛋白质序列吗? 但网站上大多都是输入DNA序列去找蛋白 07/11 22:36
4F：→ tingyi:有可以输入蛋白质序列找binding site的网站吗?? 07/11 22:37
5F：推 gloclovlo:记得有TFsearch 这个网站 07/11 22:52
6F：→ tingyi:但是TFsearch也是要输入DNA序列去找TF,但是我想要找的是 07/11 23:35
7F：→ tingyi:我的TF会去binding在甚麽基因上得甚麽序列 07/11 23:35
8F：推 milkpa:TF会binding的sequence就是某些特定序列，含有这些序列的 07/11 23:47
9F：→ milkpa:基因都有可能，要都预测出来，不太容易，用钓的再去验证， 07/11 23:48
10F：→ milkpa:还比较实际。 07/11 23:48
11F：推 Realthugz:直接CHIP再P那些片段出来不是比较实际? 07/12 00:42
12F：→ tingyi:是要做CHIP没错,但是要先有probe跟primer才能P呀~~~ 07/12 09:59
14F：→ Realthugz:再来个microarray 07/12 10:35
15F：→ tingyi:R大,这个好像还不赖ㄟ~~感谢你捏!!让我好好研究一下^^ 07/13 23:25