※ 引述《churchfire (別小看我...)》之銘言： : 小弟最近在研究gene marker : 看到很多看似很淺但是確又很重要，讓我似懂非懂的詞 : SNP,單一何甘酸多型性,指的是基因序列中,單一何甘酸的變異。 : Genotyping,Genotype, : 名詞:基因型,指的是基因的序列,型態!甚至是膠片上的片段pattern! : 動詞:表示透過各種的實驗方式包含RFLP,RAPD,SNP等方法，了解基因的序列或型態!! : Gene marker:基因分子標誌，指的是一個DNA片段，其位於染色體上，此片段可大可小， : 小至SNP(僅有一個NT的差異)，甚至是一整個片段的不同； : 其功用在於區分細胞個體或是物種。其操作的形式也很多種包含:RFLP,AFLP, : RAPD,SSR,SNP,RAD marker等。 : Question 1:以上，我想請教到底這三個怎麼串在一起阿? : Answer:是說:gene marker的方式可以幫助人們了解genotype嗎? : 而SNP，或是其他SSR,RFLP,AFLP等,都是幫助genotyping的方法! : 我這樣說對嗎? genotyping是方法,動作,指的是"分析物種的genotype" 方法就如你所述SSR RFLP AFLP SNP ITS IGS 16s等等... 而這些技術就是借用這些genome上面的marker來辨識物種的差異 例如兩種 或兩個strain... 就以分辨marker的有無,或者差異,來分辨不同種/strain 當然分辨的程度要看marker的"解析度" 例如同種分不同strain...就可能要利用SNP或mitochondrial dna 而分不同屬..可能RFLP或ITS即可 : Question 2:那這樣跟gene mapping有什麼差異?? : 我也看到了解這些可以幫助了解和疾病(或phenotype)和基因型間的關係 : 像是GWAS(genome-wide-association-study) : 我知道大多數的SNP和及並有關係!但是我們要怎麼知道呢? : High-throughput-screening的技術發達，我們可以很快的解序, : 但是我們還是不容易明瞭序列的功能以及其與疾病(表型)!! mapping指的是你想知道的基因,或者你想知道的marker 在染色體上的位置,或者gene-gene(marker-marker)之間的相對位置 比較強調在位置的關係上,當然藉由mapping之後, 知道這些基因 or Marker的(相對)位置,也有助於genotying 反著說:genotype不同,genome map就有可能不同 但這屬於比較早的名詞,在解序技術還沒那麼發達的時候 只能了解相對位置(或大概的位置)來了解genotype 當這些marker要扯到疾病(表型)的時候,勢必是要跟表型做連結 也就是拿你的樣本表型,跟基因型做對照,才能比較出不同表型對應的基因型 所有這些marker或是genotyping的最終目的,幾乎都是為了分辨表型的不同 反著說:為了知道表型的不同在基因層次上有何差異,所以做genotyping : Question 3:我這樣說對嗎?我們拿到那麼多的SNP或是marker後， : 我們要怎麼作後續的動作? 你說的對,但後續還有很大量的工作 也就是拿這些marker去跟表型做比對,才能拿到真正有意義的genotyping結果 也就是genotype與phenotype的關聯 這種工作非常繁複與龐大...有興趣可以看一下遺傳學 : Question 4:我也有問一位美國的教授,他說現在的解序技術太發達了! : 我們可以很快的解序，但是如果要排列序列就很花時間! : 請問通常都要做什麼實驗才可以知道其排列的位置? : 我知道有透過"recombination rate"估算位置，以及物理性位置(Physical Mapping) : 而吉隆米克斯最近推出的next-generation-sequencing,速度快 : 但基因片段重組,也是一個重要課題。 : 這位教授建議我:乾脆把需要的物種全部解序,這樣你就可以得到很多資訊了!! : 你擁有這些需列資料,你也就有很多的東西可以玩了!!你也可以從中找到你想切入的方向! 我個人覺得解序與排列序列,現今都有電腦的幫忙,也有龐大的資料庫可以比對 如果你的物種不是太稀有,這絕對不是甚麼不可達成的目標 但如上面所說,這些結果勢必要跟表型做連結才有意義 也就是說,你看到了物種間的差異,或者是遺傳疾病的有無 這些不同點,你要如何利用genotyping的方法來分辨 當分辨的方法建立後,是不是可以利用建立好的方法來做檢測? 舉個例子:你觀察到一個遺傳性疾病,你想知道基因層次上是怎麼樣的造成的 於是你定了某個基因的序列,發現基因上有一個SNP的存在會造成這個疾病 於是這個SNP就成了marker,可以用來判別疾病的有無 接著你分析了數個樣本(有病與無病),證實了這個SNP(基因型)與疾病(表型)有關聯 你以後就可以藉由這個marker來判別樣本是不是具有疾病 這整個過程就是genotyping,貢獻就是建立了可供判別疾病有無的gene marker (當然準確度還要依賴樣本數) 當然教授說的全部解序是最直接的辦法..當然也可以得到很多資訊 麻煩的就是你要如何從幾百(千/萬)筆的資料裡面,篩出你想要看到的東西 這如同大海撈針...非常不容易 但教授說的也沒錯,現在大家都這樣大規模的玩(靠電腦的幫忙),不然跟不上潮流 只是看你需要甚麼程度的marker,還是需要全解序,才能分析你想知道的東西 也就是解析力的不同 如同你直接用1000X倍的顯微鏡去找目標,總是看不到東西在哪 不如先用40X倍,先去看目標在哪,再慢慢拉高解析度, 挑選最適合你觀察的解析能力,再來解釋你觀察到的重點 以上淺見 : 以上是我最近閱讀的心得與感想，希望板上的大大先進 : 給予一些建議或是有用的文章!!幫助我了解更多!! : 我有說錯的地方,也請不吝賜教,謝謝!! --

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