※ 引述《churchfire (别小看我...)》之铭言： : 小弟最近在研究gene marker : 看到很多看似很浅但是确又很重要，让我似懂非懂的词 : SNP,单一何甘酸多型性,指的是基因序列中,单一何甘酸的变异。 : Genotyping,Genotype, : 名词:基因型,指的是基因的序列,型态!甚至是胶片上的片段pattern! : 动词:表示透过各种的实验方式包含RFLP,RAPD,SNP等方法，了解基因的序列或型态!! : Gene marker:基因分子标志，指的是一个DNA片段，其位於染色体上，此片段可大可小， : 小至SNP(仅有一个NT的差异)，甚至是一整个片段的不同； : 其功用在於区分细胞个体或是物种。其操作的形式也很多种包含:RFLP,AFLP, : RAPD,SSR,SNP,RAD marker等。 : Question 1:以上，我想请教到底这三个怎麽串在一起阿? : Answer:是说:gene marker的方式可以帮助人们了解genotype吗? : 而SNP，或是其他SSR,RFLP,AFLP等,都是帮助genotyping的方法! : 我这样说对吗? genotyping是方法,动作,指的是"分析物种的genotype" 方法就如你所述SSR RFLP AFLP SNP ITS IGS 16s等等... 而这些技术就是借用这些genome上面的marker来辨识物种的差异 例如两种 或两个strain... 就以分辨marker的有无,或者差异,来分辨不同种/strain 当然分辨的程度要看marker的"解析度" 例如同种分不同strain...就可能要利用SNP或mitochondrial dna 而分不同属..可能RFLP或ITS即可 : Question 2:那这样跟gene mapping有什麽差异?? : 我也看到了解这些可以帮助了解和疾病(或phenotype)和基因型间的关系 : 像是GWAS(genome-wide-association-study) : 我知道大多数的SNP和及并有关系!但是我们要怎麽知道呢? : High-throughput-screening的技术发达，我们可以很快的解序, : 但是我们还是不容易明了序列的功能以及其与疾病(表型)!! mapping指的是你想知道的基因,或者你想知道的marker 在染色体上的位置,或者gene-gene(marker-marker)之间的相对位置 比较强调在位置的关系上,当然藉由mapping之後, 知道这些基因 or Marker的(相对)位置,也有助於genotying 反着说:genotype不同,genome map就有可能不同 但这属於比较早的名词,在解序技术还没那麽发达的时候 只能了解相对位置(或大概的位置)来了解genotype 当这些marker要扯到疾病(表型)的时候,势必是要跟表型做连结 也就是拿你的样本表型,跟基因型做对照,才能比较出不同表型对应的基因型 所有这些marker或是genotyping的最终目的,几乎都是为了分辨表型的不同 反着说:为了知道表型的不同在基因层次上有何差异,所以做genotyping : Question 3:我这样说对吗?我们拿到那麽多的SNP或是marker後， : 我们要怎麽作後续的动作? 你说的对,但後续还有很大量的工作 也就是拿这些marker去跟表型做比对,才能拿到真正有意义的genotyping结果 也就是genotype与phenotype的关联 这种工作非常繁复与庞大...有兴趣可以看一下遗传学 : Question 4:我也有问一位美国的教授,他说现在的解序技术太发达了! : 我们可以很快的解序，但是如果要排列序列就很花时间! : 请问通常都要做什麽实验才可以知道其排列的位置? : 我知道有透过"recombination rate"估算位置，以及物理性位置(Physical Mapping) : 而吉隆米克斯最近推出的next-generation-sequencing,速度快 : 但基因片段重组,也是一个重要课题。 : 这位教授建议我:乾脆把需要的物种全部解序,这样你就可以得到很多资讯了!! : 你拥有这些需列资料,你也就有很多的东西可以玩了!!你也可以从中找到你想切入的方向! 我个人觉得解序与排列序列,现今都有电脑的帮忙,也有庞大的资料库可以比对 如果你的物种不是太稀有,这绝对不是甚麽不可达成的目标 但如上面所说,这些结果势必要跟表型做连结才有意义 也就是说,你看到了物种间的差异,或者是遗传疾病的有无 这些不同点,你要如何利用genotyping的方法来分辨 当分辨的方法建立後,是不是可以利用建立好的方法来做检测? 举个例子:你观察到一个遗传性疾病,你想知道基因层次上是怎麽样的造成的 於是你定了某个基因的序列,发现基因上有一个SNP的存在会造成这个疾病 於是这个SNP就成了marker,可以用来判别疾病的有无 接着你分析了数个样本(有病与无病),证实了这个SNP(基因型)与疾病(表型)有关联 你以後就可以藉由这个marker来判别样本是不是具有疾病 这整个过程就是genotyping,贡献就是建立了可供判别疾病有无的gene marker (当然准确度还要依赖样本数) 当然教授说的全部解序是最直接的办法..当然也可以得到很多资讯 麻烦的就是你要如何从几百(千/万)笔的资料里面,筛出你想要看到的东西 这如同大海捞针...非常不容易 但教授说的也没错,现在大家都这样大规模的玩(靠电脑的帮忙),不然跟不上潮流 只是看你需要甚麽程度的marker,还是需要全解序,才能分析你想知道的东西 也就是解析力的不同 如同你直接用1000X倍的显微镜去找目标,总是看不到东西在哪 不如先用40X倍,先去看目标在哪,再慢慢拉高解析度, 挑选最适合你观察的解析能力,再来解释你观察到的重点 以上浅见 : 以上是我最近阅读的心得与感想，希望板上的大大先进 : 给予一些建议或是有用的文章!!帮助我了解更多!! : 我有说错的地方,也请不吝赐教,谢谢!! --

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