作者ararthur ()
看板Biotech
標題[求救] 1.5% TAE agarose 跑DNA W形狀的band?
時間Mon Jul 4 13:58:54 2011
就正常跑Cloning步驟PCR完的產物
想要是1383nt的band
但跑出一個Ｗ形狀的band
http://imageshack.us/f/202/25553467.png/
請問有人知道這樣大小要如何判斷嗎?
可能是什麼原因造成這樣的band呢?
overloading? [ion]過高? 100 Volts過高?
謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.121.97
1F：推 leoblack:overloading比較有可能~你buf是新的?! 07/04 14:23
2F：→ ararthur:嗯 剛好是新的 而且同塊膠也有同時跑其他PCR產物 很正常 07/04 15:12
3F：→ ararthur:然後我有減半跑 這次就恢復正常 只是還是想知道原因^^" 07/04 15:14
4F：推 Realthugz:這marker.... 確定膠沒問題? 07/04 15:37
這是第一次跑和後來減半跑的DNA pattern
http://imageshack.us/f/684/89384811.png/
兩次都是同樣的Sample, tank, buf, date, 並為同一批gel
然後也剛好都有學姐在我loading的同一塊膠一起跑其他pcr產物
(RT-PCR 100~200nt + 100bp marker)
看起來量減半跑以後band就整齊多了
不過比較有疑問的地方是:
1.旁邊學姐跑的情況似乎都正常，為何我的gel一邊不正常一邊正常
2.為什麼我兩次跑的膠 DNA pattern差很多?
請問大家意見
謝謝
※ 編輯: ararthur 來自: 140.112.121.97 (07/04 16:21)
5F：推 Realthugz:等一下... 2張的marker都不是我能接受的正常範圍... 07/04 21:15
6F：→ a90648:marker怎麼都糊成一團!! 07/05 00:28
7F：→ ararthur:會是focus還是gel的問題? 07/05 10:56
8F：→ ararthur:還是1.5%跑全速的問題 07/05 10:57
9F：→ shenhsu:我覺得是gel問題 07/05 13:09
10F：推 Ianthegood:還是overload 再減半跑看看 連marker都要減半阿 07/05 13:37
11F：推 Realthugz:我1.5%跑100V不會這樣 再配全新的膠跟buffer試看看... 07/05 16:22
12F：→ Realthugz:小well marker差不多3ul就夠了... 07/05 16:23
13F：推 yaliu:同意～marker也太糟了，我都懷疑是不是快壞掉了，才有那麼多 07/06 19:29
14F：→ yaliu:smear...然後量真的下太多了...你的marker膠用1%應該比較合 07/06 19:31
15F：→ yaliu:適...雖然我也用過1.5%沒發生這種情形 07/06 19:31
16F：→ yaliu:然後建議你可以再跑遠一點，然後看起來你的大小沒很大，要不 07/06 19:33
17F：→ yaliu:要100bp~3kb的marker，膠用2%(1.5%應該也可) 07/06 19:34
18F：推 haoen:覺得是buffer的問題 不然就是gel 其實1.3K跑0.8%就夠了吧 07/08 06:37
19F：→ ararthur:嗯 其實只是剛好有1.5%的膠拿來跑而已XD 07/08 14:11
20F：→ chvkimo:我也認為全部都是加太多量的sample 07/24 12:45
21F：→ ararthur:回來解答 後來發現是本LAB換了safe dye的緣故 09/13 16:30
22F：→ ararthur:如果是用EtBr或是其他廠牌的就不會了 09/13 16:30