作者relaxsleep (火球連發~)
看板Biotech
標題[求救] codon usage
時間Thu Jun 9 16:53:55 2011
最近做表現實驗，使用Pichia pastoris當host異源表現fungi基因
但是經過誘導後都沒有目標蛋白產生(SDS-PAGE分析)
可是轉殖株又可以在含有抗生素的plate上生長，代表基因應該有送進去?!
懷疑是否為codon usage的問題。
序列經codon usage軟體分析(new in version 2.0)後
他有兩個選項不是很了解，分別是
relative adaptiveness 與frequency
想請問他代表的意思是??
relative adaptiveness分析後只有6個bp低於20%，7個bp低於10%，且不連續
frequency分析後有好幾個bp是低於20%與10%，比上述分析多，有些有連續
為什麼兩種方法結果不同呢??
是不是這原因造成蛋白質部表現的阿??謝謝~
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◆ From: 140.129.35.102
1F：推 Ianthegood:kozak sequence? in frame? 06/09 18:21
2F：→ relaxsleep:yes 06/09 23:19
3F：推 Ianthegood:mRNA有表現嗎? 06/10 08:31
4F：→ relaxsleep:應該是有，我是從mRNA轉cDNA的~ Pichia中就沒有測了@@ 06/10 14:48
5F：→ Ianthegood:應該先看有沒有transcription再看translation的事吧= = 06/10 23:11
6F：→ Ianthegood:而且pichia都商品化了codon應該不會差不然不好賣阿 06/10 23:12
7F：→ diameter:frequency我想是指這個codon在yeast內被使用的頻率 06/11 12:46