作者relaxsleep (火球连发~)
看板Biotech
标题[求救] codon usage
时间Thu Jun 9 16:53:55 2011
最近做表现实验，使用Pichia pastoris当host异源表现fungi基因
但是经过诱导後都没有目标蛋白产生(SDS-PAGE分析)
可是转殖株又可以在含有抗生素的plate上生长，代表基因应该有送进去?!
怀疑是否为codon usage的问题。
序列经codon usage软体分析(new in version 2.0)後
他有两个选项不是很了解，分别是
relative adaptiveness 与frequency
想请问他代表的意思是??
relative adaptiveness分析後只有6个bp低於20%，7个bp低於10%，且不连续
frequency分析後有好几个bp是低於20%与10%，比上述分析多，有些有连续
为什麽两种方法结果不同呢??
是不是这原因造成蛋白质部表现的阿??谢谢~
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◆ From: 140.129.35.102
1F：推 Ianthegood:kozak sequence? in frame? 06/09 18:21
2F：→ relaxsleep:yes 06/09 23:19
3F：推 Ianthegood:mRNA有表现吗? 06/10 08:31
4F：→ relaxsleep:应该是有，我是从mRNA转cDNA的~ Pichia中就没有测了@@ 06/10 14:48
5F：→ Ianthegood:应该先看有没有transcription再看translation的事吧= = 06/10 23:11
6F：→ Ianthegood:而且pichia都商品化了codon应该不会差不然不好卖阿 06/10 23:12
7F：→ diameter:frequency我想是指这个codon在yeast内被使用的频率 06/11 12:46