作者xenosaga1026 (sam)
看板Biotech
標題[求救] 去除SDS方法
時間Thu Jun 2 17:29:53 2011
目前實驗設計是要用IP的方式將目標protein抓下來
跑SDS-PAGE後挖點
再用Mass的方式來看interaction protein
因為使用的是culture cell (293T)
怕IP下來的protein量太少Mass會打不到
所以目前打算將protein從protein A/G agarose上
用 1% SDS elute下來
再將4個sample(10cm dish)一起通microcon來濃縮
但問題是我怕濃縮後鹽類濃度及SDS濃度會過高
不知道microcon能不能去除SDS
亦或是有其他方法可以去除SDS呢?
目前實驗面臨最大難題就是protein量不夠
Mass打出來的結果都在不可信區間(用Mastco搜尋 band都在綠色區間)
雖然score都有25以上 不知道這些到底能不能用
謝謝
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◆ From: 140.109.64.74
1F：推 hangzer:Dialysis? 06/02 20:14
2F：推 Rarelay:為什麼不用 pH 2.0 glycine buffer elute? 06/02 20:40
3F：→ xenosaga1026:glycine elution的效果好像沒有SDS好 06/02 22:22
4F：→ trumpet:2樓的重點是pH2.0，不是glycine，Protein A/G用pH2.0就OK 06/02 23:08
5F：推 Rarelay:mass分數低不是蛋白量不夠，是挖膠後純化過程有汙染吧。 06/03 00:07
6F：→ skylawer:請問上MS前到底是 in gel or in solution digestion? 06/03 01:46
7F：推 chosenone:microcon是用分子量大小去篩 大部分的鹽和SDS都會流過去 06/03 13:51
8F：→ chosenone:不過要注意你要看的蛋白分子量大小 不要選到太大的 不然 06/03 13:52
9F：→ chosenone:你要看的蛋白也流過去了... 06/03 13:52
10F：→ xenosaga1026:謝謝大家的寶貴意見~上mass是in gel 06/04 00:41
11F：→ wh0612:可以用Z-tip desalt? 06/04 16:28
12F：→ xenosaga1026:zip tip 我怕lose太多peptide 06/05 00:22