作者FDynasty (a chain of stories )
看板Biotech
標題[討論] oligo/primer的blast工具演算方法
時間Fri Jan 21 16:07:34 2011
最近和實驗室同學討論序列alignment的問題,
NCBI,CLC這些工具程式提供的alignment都是如同word搜尋一樣,
只能夠找出"
有連續鹼基相符"的位置,例如:
ATTCGGATTCGGATTCGG (<---一個primer)
結果1:
ATTCGGATTCGGATTCGG (<---target序列)
結果2: ---
CGGATTCG------- (<---非專一binding)
結果3: -------
TTCGGATTCG- (<---非專一binding)
我們好奇的是,假使有段序列是斷斷續續與primer相符的,要怎樣找出來？
例如:
ATTCGGATTCGGATTCGG
ATT-
GGA-
TCG-
ATT-
GG <---用blastn無法被偵測出來
上面這個例子我實際拿NCBI的程式去run,結果完全抓不到這種有gaps的結果
有試圖調整過程式演算法的係數,也沒有什麼改變
有人研究過這個問題嗎？
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◆ From: 140.112.52.126
※ 編輯: FDynasty 來自: 140.112.52.126 (01/21 16:08)
1F：推 bider:我想的是這樣斷斷續續是否有辦法結合的上 此外Tm值也不同吧 01/21 17:55
2F：→ Ianthegood:primer沒辦法黏gap啦 01/21 18:31
3F：推 mattmatt:當然不會找到具有gap的結果...因為你用的是BLAST 01/22 02:01
4F：→ mattmatt:BLAST:Basic "Local Alignment" Search Tool 01/22 02:02
5F：→ mattmatt:他只做local alignment搜尋 並不會加gap進去找 01/22 02:03
6F：→ mattmatt:你講的下面加入gap的 叫做global alignmnet 01/22 02:04
7F：→ mattmatt:兩個是不同的方法 結果呈現和運算速度都有差 01/22 02:04
8F：推 mattmatt:就像你說的 local只針對相同或相似的片段做搜尋 01/22 02:10
9F：→ mattmatt:global則是會加入gap使序列長度一至後再尋找可能的排列 01/22 02:10
10F：→ mattmatt:global通常用在multiple sequence alignment 以多條序列 01/22 02:11
11F：→ mattmatt:的資訊組合出最有可能的排列方式 01/22 02:12
12F：→ mattmatt:但NCBI資料庫序列有幾千萬條 還要應付全世界的人的使用 01/22 02:13
13F：→ mattmatt:若是用一條序列要求global的方法 幾台超級電腦都不夠算 01/22 02:13
14F：→ FDynasty:喔喔原來這個原因，有猜到這種演算法的運算負荷會很大... 01/22 12:02
15F：→ FDynasty:謝謝說明! 01/22 12:02
16F：→ FDynasty:一二樓兩位是說有gap就一定無法黏嗎? 假設gap只有2,3個 01/22 12:04
17F：→ FDynasty:又不會太集中在一起的話,會不會還是有機會? 01/22 12:05
18F：→ Ianthegood:DNA backbone是很硬的 一個loop至少是五個nt吧 01/22 12:30
19F：→ Ianthegood:想想primer才多長怎麼折 01/22 12:30
20F：→ FDynasty:嗯我真的忘了考慮到cost的分母非常小這件事... 01/22 12:36
21F：推 akura:ncbi不是有primerBLAST 01/22 19:15