作者FDynasty (a chain of stories )
看板Biotech
标题[讨论] oligo/primer的blast工具演算方法
时间Fri Jan 21 16:07:34 2011
最近和实验室同学讨论序列alignment的问题,
NCBI,CLC这些工具程式提供的alignment都是如同word搜寻一样,
只能够找出"
有连续硷基相符"的位置,例如:
ATTCGGATTCGGATTCGG (<---一个primer)
结果1:
ATTCGGATTCGGATTCGG (<---target序列)
结果2: ---
CGGATTCG------- (<---非专一binding)
结果3: -------
TTCGGATTCG- (<---非专一binding)
我们好奇的是,假使有段序列是断断续续与primer相符的,要怎样找出来？
例如:
ATTCGGATTCGGATTCGG
ATT-
GGA-
TCG-
ATT-
GG <---用blastn无法被侦测出来
上面这个例子我实际拿NCBI的程式去run,结果完全抓不到这种有gaps的结果
有试图调整过程式演算法的系数,也没有什麽改变
有人研究过这个问题吗？
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◆ From: 140.112.52.126
※ 编辑: FDynasty 来自: 140.112.52.126 (01/21 16:08)
1F：推 bider:我想的是这样断断续续是否有办法结合的上 此外Tm值也不同吧 01/21 17:55
2F：→ Ianthegood:primer没办法黏gap啦 01/21 18:31
3F：推 mattmatt:当然不会找到具有gap的结果...因为你用的是BLAST 01/22 02:01
4F：→ mattmatt:BLAST:Basic "Local Alignment" Search Tool 01/22 02:02
5F：→ mattmatt:他只做local alignment搜寻 并不会加gap进去找 01/22 02:03
6F：→ mattmatt:你讲的下面加入gap的 叫做global alignmnet 01/22 02:04
7F：→ mattmatt:两个是不同的方法 结果呈现和运算速度都有差 01/22 02:04
8F：推 mattmatt:就像你说的 local只针对相同或相似的片段做搜寻 01/22 02:10
9F：→ mattmatt:global则是会加入gap使序列长度一至後再寻找可能的排列 01/22 02:10
10F：→ mattmatt:global通常用在multiple sequence alignment 以多条序列 01/22 02:11
11F：→ mattmatt:的资讯组合出最有可能的排列方式 01/22 02:12
12F：→ mattmatt:但NCBI资料库序列有几千万条 还要应付全世界的人的使用 01/22 02:13
13F：→ mattmatt:若是用一条序列要求global的方法 几台超级电脑都不够算 01/22 02:13
14F：→ FDynasty:喔喔原来这个原因，有猜到这种演算法的运算负荷会很大... 01/22 12:02
15F：→ FDynasty:谢谢说明! 01/22 12:02
16F：→ FDynasty:一二楼两位是说有gap就一定无法黏吗? 假设gap只有2,3个 01/22 12:04
17F：→ FDynasty:又不会太集中在一起的话,会不会还是有机会? 01/22 12:05
18F：→ Ianthegood:DNA backbone是很硬的 一个loop至少是五个nt吧 01/22 12:30
19F：→ Ianthegood:想想primer才多长怎麽折 01/22 12:30
20F：→ FDynasty:嗯我真的忘了考虑到cost的分母非常小这件事... 01/22 12:36
21F：推 akura:ncbi不是有primerBLAST 01/22 19:15