作者kingtiger (~(⊙o⊙)~)
看板Biotech
標題[求救] PCR問題,無法得到目標產物
時間Wed Nov 3 11:16:58 2010
我目前進行的是cell cDNA 的PCR
有兩個目標基因,741bp和608bp
分別由NCBI上兩者的mRNA sequence進行primer的設計
PCR的酵素為advantage PCR
條件如下:
10X buffer 2.5 ul
10uM primer 1 1ul
10uM primer 2 1ul
2.5mM dNTP 2ul
cDNA 0.5ul
enzyme 0.5ul
ddH2O 17.5ul
95C 1mins
95C 30sec
68C 3mins 35cycle
68C 3mins
4C ---
或是
95C 1mins
95C 30sec
54C 30sec
68C 2mins30sec 35 cycle
4C ---
主要的問題是我都有P到東西,但是切下後做gel clear ,TA clonig
並以T7 sp6 primer做PCR check都是對的size
但是sequence之後結果都不是我要的基因
利用Blast確認過我的primer都可以辨識到我的目標基因
也重新設計過primer取不同區域做
目前在試pfu但是就得不到我要的片段大小
我的primer有兩種設計一種是有cutting site的,長度25mer
另一種是沒有cutting site的 長度約為20個mer
想請問我現在必須再重新設計primer會比較好?
還是PCR條件有什麼方法可以改進
因為一直有P到東西但是又都是錯的,很耗時間
是否有辦法再送sequence之前能確認?
有cutting site的PCR product我也試著切酵素了,有切出來對的大小,但sequence還是錯
麻煩各位先進了
我也換過不同的cDNA了,結果還是差不多.....
另外也請有用過e-PCR的人教我怎麼用...看了半天玩不出來
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◆ From: 140.109.40.29
※ 編輯: kingtiger 來自: 140.109.40.29 (11/03 16:51)
1F:推 mattmatt:你的基因在你選的cDNA內 是否會大量表現? 11/04 00:56
2F:→ chaunen:如果2個size都對... 卻又p到別的基因 感覺機率蠻小的. 11/04 02:52
3F:→ chaunen:定序結果輸出fasta檔 直接到ncbi的blast去比對嗎? 11/04 02:55
4F:→ kingtiger:沒有確定這兩基因會在我的cDNA表現,定序方法如c大所說 11/04 10:52
5F:→ kingtiger:我也用vectorNTI直接比對NCBI上提供的mRNA和定序結果 11/04 10:54
6F:推 onlyone0419:試試PRIMER3 11/06 16:49