作者kingtiger (~(⊙o⊙)~)
看板Biotech
标题[求救] PCR问题,无法得到目标产物
时间Wed Nov 3 11:16:58 2010
我目前进行的是cell cDNA 的PCR
有两个目标基因,741bp和608bp
分别由NCBI上两者的mRNA sequence进行primer的设计
PCR的酵素为advantage PCR
条件如下:
10X buffer 2.5 ul
10uM primer 1 1ul
10uM primer 2 1ul
2.5mM dNTP 2ul
cDNA 0.5ul
enzyme 0.5ul
ddH2O 17.5ul
95C 1mins
95C 30sec
68C 3mins 35cycle
68C 3mins
4C ---
或是
95C 1mins
95C 30sec
54C 30sec
68C 2mins30sec 35 cycle
4C ---
主要的问题是我都有P到东西,但是切下後做gel clear ,TA clonig
并以T7 sp6 primer做PCR check都是对的size
但是sequence之後结果都不是我要的基因
利用Blast确认过我的primer都可以辨识到我的目标基因
也重新设计过primer取不同区域做
目前在试pfu但是就得不到我要的片段大小
我的primer有两种设计一种是有cutting site的,长度25mer
另一种是没有cutting site的 长度约为20个mer
想请问我现在必须再重新设计primer会比较好?
还是PCR条件有什麽方法可以改进
因为一直有P到东西但是又都是错的,很耗时间
是否有办法再送sequence之前能确认?
有cutting site的PCR product我也试着切酵素了,有切出来对的大小,但sequence还是错
麻烦各位先进了
我也换过不同的cDNA了,结果还是差不多.....
另外也请有用过e-PCR的人教我怎麽用...看了半天玩不出来
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◆ From: 140.109.40.29
※ 编辑: kingtiger 来自: 140.109.40.29 (11/03 16:51)
1F:推 mattmatt:你的基因在你选的cDNA内 是否会大量表现? 11/04 00:56
2F:→ chaunen:如果2个size都对... 却又p到别的基因 感觉机率蛮小的. 11/04 02:52
3F:→ chaunen:定序结果输出fasta档 直接到ncbi的blast去比对吗? 11/04 02:55
4F:→ kingtiger:没有确定这两基因会在我的cDNA表现,定序方法如c大所说 11/04 10:52
5F:→ kingtiger:我也用vectorNTI直接比对NCBI上提供的mRNA和定序结果 11/04 10:54
6F:推 onlyone0419:试试PRIMER3 11/06 16:49