作者churchfire (別小看我...)
看板Biotech
標題Re: [求救] 關於BD RACE 的實驗primer合成?
時間Tue Oct 5 13:53:03 2010
※ 引述《churchfire (別小看我...)》之銘言：
: 已爬文!
: BD SMART RACE cDNA Amplification Kit
: 內附的primer,可以去自己合嗎?因為此kit太貴了!
: 請問板上的各位,有沒有自己合成做出來的經驗??
: 另外酵素使用其他牌的酵素!!
: 如reverse transcriptase的酵素用I牌,RACE PCR再用其他牌的Taq!!!
: 以上希望有經驗的大大,分享一下!!
: 謝謝!!
感謝大家的回覆!!
如果RACE自己合primer並配合他家酵素完成!
我是按照BD clontech的RACE手冊合成primer!
我RT的酵素也是使用clontech SMART Scribe RT
但是我打電話去問廠商他說因為這支酵素是RAN dependent DNA polmerase
要作5'RACE的部份,因為5'端要接dG,所以接上去的部份應為RNA template
所以這條primer必須合成RNA primer!!
這樣RT的效率才會高!當然後續的PCR也會有好的效率!!
所以
問題1
想請教:這幾條primer是僅作一般的DNA primer而已嗎?還是有把它做modify!!
問題2
如果知道基因的ATG起始位置後約900bp,但後面就不知道了!
那可不可以用total RNA 反轉錄合成cDNA後(primer為oligo dT)
設計兩條primer(revese為oilgo dA，forward為基因的前端序列)去PCR嗎?
(以cDNA為template)
如此就可以得到全長和3'UTR?
請問這樣做可以嗎?
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 210.69.175.253
1F：→ Ianthegood:clontech是takara的吧... 10/06 00:39
2F：→ Ianthegood:而且用oligo dA跑PCR 3'長度不會很亂嗎 會smear吧 10/06 00:40
3F：推 Ianthegood:還有想問一下 manual裡面那幾個ntd都是XXXXX 你怎麼 10/06 01:00
4F：→ Ianthegood:知道要合甚麼? 10/06 01:00
5F：→ churchfire:BD SMART RACE kit喔!manual第9頁,有primer sequence! 10/06 09:51
6F：→ churchfire:是阿!clontech已經和takara合併啦!不過好像因為品牌問 10/06 09:57
7F：→ churchfire:題,我覺得產品還是分開出!網站上說跟T牌會透過C排定購 10/06 09:59
8F：→ churchfire:管理! 10/06 09:59