作者Menuet (無聊就是力量)
看板Biotech
標題Re: [求救] 如何在cDNA中移除已經reverse transcri …
時間Wed Sep 22 07:46:30 2010
※ 引述《Menuet (無聊就是力量)》之銘言：
:
: 各位版友先進好
:
: 我最近在做環境的cDNA library，
: 但是抽完RNA以及反轉錄好所有的cDNA後(我是用random hexamers做cDNA)，
: 才發現這裡的cDNA可能還包括很多rRNA和tRNA，
: 可是如果要定序，
: 這樣會花太多錢在定rRNA和tRNA上，
: 而我的主要目標是mRNA。
: 然而查閱文獻資料後，
: 發現大部分的方法都是在轉成cDNA之前就已經清除了那些rRNA和tRNA了，
: 所以想請教一下，
: 有沒有什麼方法是可以在合成cDNA後再清除的?
:
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: 感謝!
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: --
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: ◆ From: 142.157.130.197
: 推 reinherd:我是家RNaes, 我用qiagen的cdna kit裡面有副 09/22 03:32
對不起我沒說清楚，
目前我的狀況是，
所有個RNA基本上都已經是ssDNA了，
因為對定序而言，
如果訂出來一堆tRNA或是rRNA的序列是很浪費錢的事情，
我們的目標主要還是針對mRNA，
所以現在想知道說如何把cDNA裡面的非mRNA所轉成的ssDNA都去除。
謝謝!
--
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◆ From: 142.157.206.34
1F：推 liuse:google看到這家 參考一下 09/22 09:58
3F：→ liuse:Ambion 喜歡出各種purification kit 09/22 09:59
4F：→ yaliu:根據以往做cDNA library的經驗，要先抽完totall RNA後再用 09/22 16:04
5F：→ yaliu:poly-T抓mRNA~將mRNA純化出來之後再作成雙股再作成library 09/22 16:05
6F：推 yaliu:突然看到你作環境的cDNA？？所以物種是環境的什麼阿？細菌？ 09/22 16:08
7F：→ yaliu:如果原核的話，沒聽說有在做cDNA的，因為不就是genome? 09/22 16:09
8F：→ Menuet:因為我主要target是原核生物，所以沒有polyT... 09/22 23:24
9F：→ Menuet:應該是polyA...(抱歉我剛才說錯XD) 09/22 23:26
10F：→ Menuet:抱歉造成誤解，我應該用ssDNA來描述而不是用cDNA。 09/22 23:28
11F：→ Menuet:我做的是Metatranscriptomics的的研究。 09/22 23:43
12F：推 icome:CsCl梯度離心也許是個方法? 09/23 12:09