作者Menuet (无聊就是力量)
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标题Re: [求救] 如何在cDNA中移除已经reverse transcri …
时间Wed Sep 22 07:46:30 2010
※ 引述《Menuet (无聊就是力量)》之铭言：
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: 各位版友先进好
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: 我最近在做环境的cDNA library，
: 但是抽完RNA以及反转录好所有的cDNA後(我是用random hexamers做cDNA)，
: 才发现这里的cDNA可能还包括很多rRNA和tRNA，
: 可是如果要定序，
: 这样会花太多钱在定rRNA和tRNA上，
: 而我的主要目标是mRNA。
: 然而查阅文献资料後，
: 发现大部分的方法都是在转成cDNA之前就已经清除了那些rRNA和tRNA了，
: 所以想请教一下，
: 有没有什麽方法是可以在合成cDNA後再清除的?
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: 感谢!
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: ◆ From: 142.157.130.197
: 推 reinherd:我是家RNaes, 我用qiagen的cdna kit里面有副 09/22 03:32
对不起我没说清楚，
目前我的状况是，
所有个RNA基本上都已经是ssDNA了，
因为对定序而言，
如果订出来一堆tRNA或是rRNA的序列是很浪费钱的事情，
我们的目标主要还是针对mRNA，
所以现在想知道说如何把cDNA里面的非mRNA所转成的ssDNA都去除。
谢谢!
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◆ From: 142.157.206.34
1F：推 liuse:google看到这家 参考一下 09/22 09:58
3F：→ liuse:Ambion 喜欢出各种purification kit 09/22 09:59
4F：→ yaliu:根据以往做cDNA library的经验，要先抽完totall RNA後再用 09/22 16:04
5F：→ yaliu:poly-T抓mRNA~将mRNA纯化出来之後再作成双股再作成library 09/22 16:05
6F：推 yaliu:突然看到你作环境的cDNA？？所以物种是环境的什麽阿？细菌？ 09/22 16:08
7F：→ yaliu:如果原核的话，没听说有在做cDNA的，因为不就是genome? 09/22 16:09
8F：→ Menuet:因为我主要target是原核生物，所以没有polyT... 09/22 23:24
9F：→ Menuet:应该是polyA...(抱歉我刚才说错XD) 09/22 23:26
10F：→ Menuet:抱歉造成误解，我应该用ssDNA来描述而不是用cDNA。 09/22 23:28
11F：→ Menuet:我做的是Metatranscriptomics的的研究。 09/22 23:43
12F：推 icome:CsCl梯度离心也许是个方法? 09/23 12:09