作者ZecAhau (World Peace)
看板Biotech
標題[求救] 請問有關5'-UTR的問題
時間Sun Sep 19 14:56:14 2010
大家好
我現在想要測試某蛋白質與另一基因的 mRNA 5'-UTR 之間是否有interaction
我的想法是，先設計一對primers，從細胞DNA中將5'-UTR對應的cDNA釣出來，
再用 in vitro transcription 把她轉成 RNA，之後再將此RNA產物與純化蛋白
incubate之後，進行 gel shift assay.
不知以上流程有沒有什麼問題?
如果這方法可行，我現在遇到了兩個問題:
a. 要怎麼找到一個基因他5'-UTR對應的 DNA seq?
我在NCBI上弄了老半天還是只能得到一整條 chromosome....
b. 我查到了此基因的 mRNA 序列 (NM_....)
在CDS之前的那段是否就是5'UTR?
抱歉，因為不是做這方面的，問的問題有點笨拙請見諒!
也希望有強者能幫幫我~
謝謝!
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天使 在你 背後那樣模糊 天使 為你 你沒責任動情
天使 是我 你或未曾在乎 天使 是我 背負昨日罪名
能夠為你守護 置自己於不顧
全意為你守護 那是我天賦
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◆ From: 140.112.60.46
1F：推 liuse:我想到的是IP該protein在PCR 類似ChIP 09/19 20:21
2F：→ liuse:中間少一個RT 09/19 20:21
3F：推 Ianthegood:全長已知? 不用跑RACE? 09/19 21:37
4F：推 rom1025:到ensembl上找這個gene，會標示出UTR區域 09/20 18:20
5F：→ ZecAhau:謝謝樓上三位!! 09/22 00:02
6F：→ ZecAhau:I大的意思是指誰的全長已知? 09/22 00:02
7F：→ Ice9:推一樓。 CDS 前的就是 5'UTR。 如果你的蛋白是靠結構與 RNA 10/03 18:15
8F：→ Ice9:結合，那你目前的方法可能會有問題：非自然 folding、其他區 10/03 18:16
9F：→ Ice9:域是否會影響 5'UTR 處的 folding等等。 10/03 18:17
10F：→ Ice9:但沒做之前都不知道。加油！ 10/03 18:17