作者ZecAhau (World Peace)
看板Biotech
标题[求救] 请问有关5'-UTR的问题
时间Sun Sep 19 14:56:14 2010
大家好
我现在想要测试某蛋白质与另一基因的 mRNA 5'-UTR 之间是否有interaction
我的想法是，先设计一对primers，从细胞DNA中将5'-UTR对应的cDNA钓出来，
再用 in vitro transcription 把她转成 RNA，之後再将此RNA产物与纯化蛋白
incubate之後，进行 gel shift assay.
不知以上流程有没有什麽问题?
如果这方法可行，我现在遇到了两个问题:
a. 要怎麽找到一个基因他5'-UTR对应的 DNA seq?
我在NCBI上弄了老半天还是只能得到一整条 chromosome....
b. 我查到了此基因的 mRNA 序列 (NM_....)
在CDS之前的那段是否就是5'UTR?
抱歉，因为不是做这方面的，问的问题有点笨拙请见谅!
也希望有强者能帮帮我~
谢谢!
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天使 在你 背後那样模糊 天使 为你 你没责任动情
天使 是我 你或未曾在乎 天使 是我 背负昨日罪名
能够为你守护 置自己於不顾
全意为你守护 那是我天赋
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.60.46
1F：推 liuse:我想到的是IP该protein在PCR 类似ChIP 09/19 20:21
2F：→ liuse:中间少一个RT 09/19 20:21
3F：推 Ianthegood:全长已知? 不用跑RACE? 09/19 21:37
4F：推 rom1025:到ensembl上找这个gene，会标示出UTR区域 09/20 18:20
5F：→ ZecAhau:谢谢楼上三位!! 09/22 00:02
6F：→ ZecAhau:I大的意思是指谁的全长已知? 09/22 00:02
7F：→ Ice9:推一楼。 CDS 前的就是 5'UTR。 如果你的蛋白是靠结构与 RNA 10/03 18:15
8F：→ Ice9:结合，那你目前的方法可能会有问题：非自然 folding、其他区 10/03 18:16
9F：→ Ice9:域是否会影响 5'UTR 处的 folding等等。 10/03 18:17
10F：→ Ice9:但没做之前都不知道。加油！ 10/03 18:17