作者yaliu (雅)
看板Biotech
標題Re: [求救] Vector only 的 control 比 vector + i …
時間Mon Aug 9 23:13:19 2010
※ 引述《boblu (六百)》之銘言:
: 囧 cloning 真的不是我的強項 囧
: 手上有一個片段 (8xx bp) 已經以 TA cloning 放到 vector 裡面
: 要轉到另外一個 expression vector (pCS2+, 兩生類與魚類用的, 3xxx bp)
: TA 中的 insert 是被 EcoRI and BamHI(皆為唯一)夾在中間
: expression vector 上的 MCS 當然也是有這兩個 site
: pCS2+ 跟 TA construct 同時作 double digest 以後
: pCS2+ CIP 一小時(double digest 應該沒必要 CIP?想說有作有安心)
: 在 gel 上有看到 insert 被 release 出來
: --> pCS2+ 的 double digest 應該也是成功的吧?
請問TA+insert的質體,應該切得很乾淨吧?
gel上有看到沒切成功的雜band嗎?
: gel extract 以後,insert 跟 pCS2+ 各取 100ng(莫爾比大約3:1)作 ligation
: control 就是用水代替 insert
: 用的是 Takara 的 kit 2.1
: O/N 以後取一半的 ligation product 丟 Invitrogen 的 competent cell
: 結果:
: vector only 的那一組長得比有 insert 的還多 囧
有多很多嗎??
其實我想知道,你轉型完之後,是怎麼塗plate的,一片大概長幾顆colonies
有跟做TA時的情形差不多嗎?colonies數目....
如果vector沒有切成功或切一刀,他自己self-ligation的機率很高
這樣plate應該長滿滿的吧....
雖然你有做了CIP,可以屏除掉只切一刀的self-ligation
但CIP也不一定百分百成功。
我以前vector切兩刀沒做CIP,vector only的機率超級低,至少我沒有挑到
其實看你的敘述,pCS2+/BamHI,EcoRI製備本身就很有問題
如果確定你的酵素沒有問題的話
那可能出在vector本身了
到底vector有沒有EcoRI及BamHI切點?然後他的DNA品質好不好?
看你的敘述好像這個材料不是你自己製備的,可以去確認看看是不是人家vector沒給你錯
(也是有可能發生來來源材料不正確的情況的....)
在轉型確認無問題的前提下
至少在vector only的測試,轉型後菌落要非常少
(我想應該要沒有啦~不過我之前切兩刀也沒做這個動作所以沒辦法百分百保證)
確定你ligation前的步驟沒有問題
之後如果還是沒接成功,再去考慮ligation這個步驟
看看是否要換ligase之類的
再沒成功(應該就是沒什麼colony長),那只能猜測這個基因表現的蛋白
host cell不喜歡吧....
如果時間跟錢很夠的話,改作別的基因看看是不是真的你要接的基因host不喜歡XD
以上小小淺見,給你參考^^
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◆ From: 122.117.195.131
1F:→ yaliu:對了,ligation我個人是沒什麼在管比率的啦(沒在測DNA濃度) 08/09 23:17
2F:→ yaliu:通常我都是vector 1, insert 7, buffer 1, ligase 1 08/09 23:18
3F:→ yaliu:4度 ON~一整個就是insert給它塞爆XD 08/09 23:19
4F:→ yaliu:限制酵素作用那裡,覺得你DNA還蠻多的,可以稍微提高酵素量 08/09 23:21
5F:→ yaliu:不放心可以各加2ul,體積可以做50ul,反正最後全部給他去 08/09 23:24
6F:→ yaliu:elute,我不會加太多水回溶~大概15-20ul而已 08/09 23:25