作者yaliu (雅)
看板Biotech
标题Re: [求救] Vector only 的 control 比 vector + i …
时间Mon Aug 9 23:13:19 2010
※ 引述《boblu (六百)》之铭言:
: 囧 cloning 真的不是我的强项 囧
: 手上有一个片段 (8xx bp) 已经以 TA cloning 放到 vector 里面
: 要转到另外一个 expression vector (pCS2+, 两生类与鱼类用的, 3xxx bp)
: TA 中的 insert 是被 EcoRI and BamHI(皆为唯一)夹在中间
: expression vector 上的 MCS 当然也是有这两个 site
: pCS2+ 跟 TA construct 同时作 double digest 以後
: pCS2+ CIP 一小时(double digest 应该没必要 CIP?想说有作有安心)
: 在 gel 上有看到 insert 被 release 出来
: --> pCS2+ 的 double digest 应该也是成功的吧?
请问TA+insert的质体,应该切得很乾净吧?
gel上有看到没切成功的杂band吗?
: gel extract 以後,insert 跟 pCS2+ 各取 100ng(莫尔比大约3:1)作 ligation
: control 就是用水代替 insert
: 用的是 Takara 的 kit 2.1
: O/N 以後取一半的 ligation product 丢 Invitrogen 的 competent cell
: 结果:
: vector only 的那一组长得比有 insert 的还多 囧
有多很多吗??
其实我想知道,你转型完之後,是怎麽涂plate的,一片大概长几颗colonies
有跟做TA时的情形差不多吗?colonies数目....
如果vector没有切成功或切一刀,他自己self-ligation的机率很高
这样plate应该长满满的吧....
虽然你有做了CIP,可以屏除掉只切一刀的self-ligation
但CIP也不一定百分百成功。
我以前vector切两刀没做CIP,vector only的机率超级低,至少我没有挑到
其实看你的叙述,pCS2+/BamHI,EcoRI制备本身就很有问题
如果确定你的酵素没有问题的话
那可能出在vector本身了
到底vector有没有EcoRI及BamHI切点?然後他的DNA品质好不好?
看你的叙述好像这个材料不是你自己制备的,可以去确认看看是不是人家vector没给你错
(也是有可能发生来来源材料不正确的情况的....)
在转型确认无问题的前提下
至少在vector only的测试,转型後菌落要非常少
(我想应该要没有啦~不过我之前切两刀也没做这个动作所以没办法百分百保证)
确定你ligation前的步骤没有问题
之後如果还是没接成功,再去考虑ligation这个步骤
看看是否要换ligase之类的
再没成功(应该就是没什麽colony长),那只能猜测这个基因表现的蛋白
host cell不喜欢吧....
如果时间跟钱很够的话,改作别的基因看看是不是真的你要接的基因host不喜欢XD
以上小小浅见,给你参考^^
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 122.117.195.131
1F:→ yaliu:对了,ligation我个人是没什麽在管比率的啦(没在测DNA浓度) 08/09 23:17
2F:→ yaliu:通常我都是vector 1, insert 7, buffer 1, ligase 1 08/09 23:18
3F:→ yaliu:4度 ON~一整个就是insert给它塞爆XD 08/09 23:19
4F:→ yaliu:限制酵素作用那里,觉得你DNA还蛮多的,可以稍微提高酵素量 08/09 23:21
5F:→ yaliu:不放心可以各加2ul,体积可以做50ul,反正最後全部给他去 08/09 23:24
6F:→ yaliu:elute,我不会加太多水回溶~大概15-20ul而已 08/09 23:25