作者windguide (夜很深)
看板Biotech
標題[求救] CHIP-seq 中的 Naked-DNA, Input-DNA
時間Tue May 4 03:20:13 2010
各位好，小弟目前在看一篇有關CHIP-seq背景值控制的文章
文章中有提到了她的實驗以三種DNA作為模擬的材料
第一是 naked DNA
文章說是 non-cross-linked, deproteinized, and sonicated DNA fragment
第二是 Input DNA
文章說是 consist of sonicated DNA fragments that have been cross-linked.
第三是 Chip-sample
基本上是和Inpute DNA 一樣，兩者只是差在Input DNA沒有做IP
我查了許多資料，對於這個Input DNA 還是有很多不了解的地方
像是如果我現在要看RNA polymerase II(POl II)的binding site
Chip-sample的樣本會被利用某些方法把POII固定在DNA上，再進行IP，再sonication
再deproteinized，再Seq，在把Seq出來的tag mapping到reference genome上
然而這個Input DNA 不管是在CHIP-chip或是Chip-Seq中的作用到底是什麼
我始終不是很了解，在這個例子中的Input DNA是不是代表它上面沒有POl II
而其他Input-DNA有binding的蛋白質會跟Chip-sample 一樣
再來這個Naked DNA 是不是就是可視為genomic DNA
由於小弟是學統計的，對於這方面了解不多
希望有經驗的人可以幫我解惑，謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.218.113
※ 編輯: windguide 來自: 140.112.218.113 (05/04 04:01)
1F：推 Elsi:若如同你說Input DNA差別只是沒有IP，那就是觀察DNA是的確被 05/04 12:22
2F：→ Elsi:protein bind, 而不是被 antibody bind 05/04 12:22
3F：推 skyken10:Input DNA是表示你這批sample當中存在有此段序列~ 05/04 14:47
4F：→ skyken10:psitive control~可以幫助你知道你想觀察的序列是否存在 05/04 14:48
5F：推 Elsi:樓上才是對的，請忽略我的說明～ 05/05 06:27
6F：→ windguide:謝謝解答 05/06 01:01