作者windguide (夜很深)
看板Biotech
标题[求救] CHIP-seq 中的 Naked-DNA, Input-DNA
时间Tue May 4 03:20:13 2010
各位好，小弟目前在看一篇有关CHIP-seq背景值控制的文章
文章中有提到了她的实验以三种DNA作为模拟的材料
第一是 naked DNA
文章说是 non-cross-linked, deproteinized, and sonicated DNA fragment
第二是 Input DNA
文章说是 consist of sonicated DNA fragments that have been cross-linked.
第三是 Chip-sample
基本上是和Inpute DNA 一样，两者只是差在Input DNA没有做IP
我查了许多资料，对於这个Input DNA 还是有很多不了解的地方
像是如果我现在要看RNA polymerase II(POl II)的binding site
Chip-sample的样本会被利用某些方法把POII固定在DNA上，再进行IP，再sonication
再deproteinized，再Seq，在把Seq出来的tag mapping到reference genome上
然而这个Input DNA 不管是在CHIP-chip或是Chip-Seq中的作用到底是什麽
我始终不是很了解，在这个例子中的Input DNA是不是代表它上面没有POl II
而其他Input-DNA有binding的蛋白质会跟Chip-sample 一样
再来这个Naked DNA 是不是就是可视为genomic DNA
由於小弟是学统计的，对於这方面了解不多
希望有经验的人可以帮我解惑，谢谢
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.218.113
※ 编辑: windguide 来自: 140.112.218.113 (05/04 04:01)
1F：推 Elsi:若如同你说Input DNA差别只是没有IP，那就是观察DNA是的确被 05/04 12:22
2F：→ Elsi:protein bind, 而不是被 antibody bind 05/04 12:22
3F：推 skyken10:Input DNA是表示你这批sample当中存在有此段序列~ 05/04 14:47
4F：→ skyken10:psitive control~可以帮助你知道你想观察的序列是否存在 05/04 14:48
5F：推 Elsi:楼上才是对的，请忽略我的说明～ 05/05 06:27
6F：→ windguide:谢谢解答 05/06 01:01