作者levi1802 (wilson)
看板Biotech
標題[求救] 關於使用tn9 transposon 產生突變菌株的驗證
時間Wed Apr 21 20:24:13 2010
小弟是念生物資訊的碩二的學生，
最近因為要提學位考，
老闆突然要我用實驗驗證我的分析結果，
於是......以下省略
我在paper中看到作者使用Tn9 對E.coli的特定基因 dam 進行lost function的突變
由於研究的關係，我們拿到這隻E. coli K12 tn9::dam mutant的細菌
只是要用PCR的方式去check他的dam有確實有被mutant，
我知道dam 基因的序列，但是我不知道他tn9插入的位置，
也不知道tn9的使用序列，或是長短
所以我不知道該如何設計primer去把他夾出來
這樣就無法跟wild type比較dam基因的序列差異
小弟生邊的人大都只會寫程式，沒有人可以詢問
請各位大大幫幫忙，非常感謝
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◆ From: 120.126.36.171
1F：推 ROKEE:那就拿dam的DNA序列去做southern阿..... 04/21 20:30
2F：→ levi1802:因為我們所上的實驗是只能做電泳，所以我也只能做做PCR去 04/21 20:35
3F：→ levi1802:夾夾看，藉由大小來比較差異，可是我不知道該怎麼執行， 04/21 20:36
4F：→ levi1802:很抱歉，問這麼不專業的問題，可是我只是個寫程式的研究 04/21 20:37
5F：→ levi1802:生，老闆突然要我驗證，整個就是想要我死，我只有抽過DNA 04/21 20:38
6F：→ f9361046:我想去P這個基因的全長 然後去定序 在上網和WT比對 就知 04/21 21:44
7F：→ f9361046:到插在哪裡 和序列了 04/21 21:44
8F：推 Ianthegood:如果只是要check就把dam分段批 電泳比對WT就可以了吧 04/22 02:16
9F：→ levi1802:謝謝各位，我多設計幾段primer，去check看看 04/22 11:12