作者sunnyforever ( )
看板Biotech
標題[求救] methylation specific PCR的條件怎麼抓？
時間Fri Apr 16 15:46:43 2010
不知道板上有沒有人也在做epigenetics方面的實驗。
尤其在MSP的部分，似乎PCR的條件不比一般。
有一些primer設計出來後跑個一兩次就有結果，但有些則是一直卡住。
想問問做這方面相關的大大們，都怎麼去抓條件呢？
如何才是最有效率也省成本的做法呢？
另外在bisulfite modification的部分，大家都是用kit嗎？
kit又是哪家廠牌型號的呢？
非常感謝有經驗的人可以給點建議！
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.25.156
1F：推 angeline670:你用自己的sample去抓條件嗎?? 還是有positive ctrl? 04/16 16:23
2F：推 scs0214:我們家是用EZ DNA Methylation-Gold™ Kit 04/16 16:24
3F：→ sunnyforever:喔~對了!忘了問大家positive ctrl是用? 04/16 22:14
4F：→ sunnyforever:我知道廠商也有賣universal的，但每個condition 04/16 22:15
5F：→ sunnyforever:應該都不太一樣吧~目前是自己的sample抓不太到條件。 04/16 22:15
6F：→ docQ:可以問問進階 我目前是用他們家一組universal methylated 04/16 22:23
7F：→ docQ:當作 positive 但是我突然忘了是哪家的 04/16 22:23
8F：→ sunnyforever:嗯 那大家自己的sample是怎麼去抓條件比較快呢? 04/16 22:33
9F：→ docQ:你是指PCR的condition嗎？我會先做個gradient來抓Tm 還有我E 04/16 22:43
10F：→ docQ:EZ的kit的protocol有建議的PCR condition 其實你應該要先確定 04/16 22:45
11F：→ docQ:你的sample 要找的gene 有methylation吧？不然怎麼跑都跑不出 04/16 22:46
12F：→ sunnyforever:這個基因是新的基因，只是推測可能會有甲基化 04/16 22:47
13F：→ sunnyforever:gradient我試過 不知道d大的梯度是怎麼去設呢? 04/16 22:48
14F：→ docQ:建議你可以先用positive跑Tm-10~Tm+10（不知道我有回答到你 04/16 22:54
15F：→ sunnyforever:另外若是沒有methylation 那unmethylation primer 04/16 22:54
16F：→ sunnyforever:就應該要P得出來 所以主要問題應該還是條件 04/16 22:54
17F：→ docQ:原則上是這樣 但是我覺得MSP Primer設計也有關係因為是GCrich 04/16 22:56
18F：→ docQ:所以本來就不太好P 很多時候是無論Meth or Unmeth都沒有 04/16 22:58
19F：→ sunnyforever:感謝大家的建議和指導~ 04/17 20:41
20F：推 milvus:經過我多年經驗 直接換一組 或是template下重一點 04/21 11:31
21F：→ milvus:bisulfite 這種處理很奇怪 04/21 11:32