作者sunnyforever ( )
看板Biotech
标题[求救] methylation specific PCR的条件怎麽抓？
时间Fri Apr 16 15:46:43 2010
不知道板上有没有人也在做epigenetics方面的实验。
尤其在MSP的部分，似乎PCR的条件不比一般。
有一些primer设计出来後跑个一两次就有结果，但有些则是一直卡住。
想问问做这方面相关的大大们，都怎麽去抓条件呢？
如何才是最有效率也省成本的做法呢？
另外在bisulfite modification的部分，大家都是用kit吗？
kit又是哪家厂牌型号的呢？
非常感谢有经验的人可以给点建议！
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.25.156
1F：推 angeline670:你用自己的sample去抓条件吗?? 还是有positive ctrl? 04/16 16:23
2F：推 scs0214:我们家是用EZ DNA Methylation-Gold™ Kit 04/16 16:24
3F：→ sunnyforever:喔~对了!忘了问大家positive ctrl是用? 04/16 22:14
4F：→ sunnyforever:我知道厂商也有卖universal的，但每个condition 04/16 22:15
5F：→ sunnyforever:应该都不太一样吧~目前是自己的sample抓不太到条件。 04/16 22:15
6F：→ docQ:可以问问进阶 我目前是用他们家一组universal methylated 04/16 22:23
7F：→ docQ:当作 positive 但是我突然忘了是哪家的 04/16 22:23
8F：→ sunnyforever:嗯 那大家自己的sample是怎麽去抓条件比较快呢? 04/16 22:33
9F：→ docQ:你是指PCR的condition吗？我会先做个gradient来抓Tm 还有我E 04/16 22:43
10F：→ docQ:EZ的kit的protocol有建议的PCR condition 其实你应该要先确定 04/16 22:45
11F：→ docQ:你的sample 要找的gene 有methylation吧？不然怎麽跑都跑不出 04/16 22:46
12F：→ sunnyforever:这个基因是新的基因，只是推测可能会有甲基化 04/16 22:47
13F：→ sunnyforever:gradient我试过 不知道d大的梯度是怎麽去设呢? 04/16 22:48
14F：→ docQ:建议你可以先用positive跑Tm-10~Tm+10（不知道我有回答到你 04/16 22:54
15F：→ sunnyforever:另外若是没有methylation 那unmethylation primer 04/16 22:54
16F：→ sunnyforever:就应该要P得出来 所以主要问题应该还是条件 04/16 22:54
17F：→ docQ:原则上是这样 但是我觉得MSP Primer设计也有关系因为是GCrich 04/16 22:56
18F：→ docQ:所以本来就不太好P 很多时候是无论Meth or Unmeth都没有 04/16 22:58
19F：→ sunnyforever:感谢大家的建议和指导~ 04/17 20:41
20F：推 milvus:经过我多年经验 直接换一组 或是template下重一点 04/21 11:31
21F：→ milvus:bisulfite 这种处理很奇怪 04/21 11:32