作者reinherd (揚威利信徒萊因哈特)
看板Biotech
標題Re: [求救]primer design之我是新手
時間Fri Feb 26 02:34:54 2010
※ 引述《childchen ( )》之銘言：
: ※ 引述《crystal0602 (好黑的心情)》之銘言：
: : 恕刪
: : 想請問大家.....何謂跨過junation, 為何這樣可以避免genome DNA的干擾?
: : 我自己設計primr是都會設計在不同exon上,但不太明白為什麼這樣就可以避免
: : genomic DNA的干擾?
: : 請問有人可以解惑嗎?? 謝謝
: 因為genomic DNA含有intron
: 而cDNA則沒有
: 設計跨junation的primer
: 理論上就不會夾到genomic DNA
我最近也在design qPCR primer
正在做E-cadherin的 因為我目前手上的都不太行
靈敏度都不夠高
我遇到的問題是 因為E-cadherin 是一個有接近900 amino acid的大蛋白質
光是exon就有17個 我目前的想法是以最接近3'end的兩個exon來設計primer
這兩個exon之間隔著3492 bps 的intron
所以不可能amplify到genomic DNA(太長)
而靠近3'也方便cDNA synthsis kit 生成cDNA
(雖然我用的KIT有polyT和random hexamer 但我想靠近3'end還是比較保險)
請問我這個想法合理嗎？
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◆ From: 161.253.113.146
1F：→ chaunen:沒錯! 愈靠近3"端愈不易被mRNA的2級結構卡住(機率比較低) 02/26 18:46
2F：→ chaunen:不然加入2%的DMSO也有助於減少mRNA及primer形成2級結構 02/26 18:48
3F：→ chaunen:不過DMSO會增加Tag合成錯誤的機率, 需要精確序列話要注意 02/26 18:49
5F：→ stinky:推這個地方 我用過幾對primers都很好用 02/27 07:58
6F：→ reinherd:謝謝樓上 02/28 09:54