作者reinherd (扬威利信徒莱因哈特)
看板Biotech
标题Re: [求救]primer design之我是新手
时间Fri Feb 26 02:34:54 2010
※ 引述《childchen ( )》之铭言：
: ※ 引述《crystal0602 (好黑的心情)》之铭言：
: : 恕删
: : 想请问大家.....何谓跨过junation, 为何这样可以避免genome DNA的干扰?
: : 我自己设计primr是都会设计在不同exon上,但不太明白为什麽这样就可以避免
: : genomic DNA的干扰?
: : 请问有人可以解惑吗?? 谢谢
: 因为genomic DNA含有intron
: 而cDNA则没有
: 设计跨junation的primer
: 理论上就不会夹到genomic DNA
我最近也在design qPCR primer
正在做E-cadherin的 因为我目前手上的都不太行
灵敏度都不够高
我遇到的问题是 因为E-cadherin 是一个有接近900 amino acid的大蛋白质
光是exon就有17个 我目前的想法是以最接近3'end的两个exon来设计primer
这两个exon之间隔着3492 bps 的intron
所以不可能amplify到genomic DNA(太长)
而靠近3'也方便cDNA synthsis kit 生成cDNA
(虽然我用的KIT有polyT和random hexamer 但我想靠近3'end还是比较保险)
请问我这个想法合理吗？
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◆ From: 161.253.113.146
1F：→ chaunen:没错! 愈靠近3"端愈不易被mRNA的2级结构卡住(机率比较低) 02/26 18:46
2F：→ chaunen:不然加入2%的DMSO也有助於减少mRNA及primer形成2级结构 02/26 18:48
3F：→ chaunen:不过DMSO会增加Tag合成错误的机率, 需要精确序列话要注意 02/26 18:49
5F：→ stinky:推这个地方 我用过几对primers都很好用 02/27 07:58
6F：→ reinherd:谢谢楼上 02/28 09:54