※ 引述《reiosea (reiosea)》之銘言： : 各位前輩大家好 : 小弟最近於論文上遇到一個難題。 : 我的碩士論文主要使用phage display技術去篩選可能抑制target protein的peptides。 : 而我所選擇的目標主要有一個helix-turn-helix的DNA binding domain，其會與另一個段 : DNA前面的operator結合。我希望能透過找出會與其結合的peptide進而去阻止該protein : 與DNA binding. : 由於一般我聽過的Phage display通常以protein-protein interaction為目標。 : 而我現在選擇的為DNA-protein interaction : (亦即希望透過peptide與protein結合使其不與DNA結合) : 現在我的疑問是這個helix-turn-helix的DNA binding domain是否能跟Phage外表現 : 的peptide結合，我應該考慮的問題該是什麼？ : 我有嘗試想找出類似的實驗，有直接以DNA做目標的篩選，卻沒找到完全一樣的文獻。 : 希望各位前輩能不吝指教。 -------------------------------------------- 1. 如果預定的 peptide 是要與 DNA binding protein 結合 project 的合理性會被 argue DNA 一般帶 negative charge, 相對的可以預估篩選到的 peptide 可能也會 favor 帶 negative charge 然而 一般細胞膜通透性來說, 帶負電荷的peptide 其通透性相當的差 而如果目的是希望一個帶負電荷的 peptide 穿過層層的 membrane (cell membrane, nuclear membrane...) 到達核裡跟 target protein 結合 進而到達抑制protein 與 DNA 的 binding 無異緣木求魚 即便花前與花時間 in vitro 篩選到好的 candidate, 後在再與口試委員或 paper reviewer defense 的時候一定會被電得半死... 且即便此 peptide 在歷經千辛萬苦運輸到核裡 也可能被 protease 給降解光光. ............................................. 這似乎不是很有 sense 的研究題目... ---------------------------------------------------------------------- 2. 如果 peptide 是要與 DNA binding, 且預計篩選出來的 folding 是 H-turn-H 那有特殊的 folding 的 peptide 是否容易通過層層膜 運輸到核內也是一個考量 一般而言 MW 超過 500 細胞通透性就容易受到質疑 H-turn-H 的分子量要超過 1000 相當容易, 所以size 影響細胞通透性是另一個考量 (sizes 太小 binding specificity 也容易受到質疑) 且 DNA binding protein 其對 DNA 的專一性並不是小範圍的 motif 就可以控制 即便最難的細胞通透性與專一性問題克服了 一樣有 protease 的問題要考慮 ........................................... 硬要用 phage display 篩選出 peptide, 或多或少會有結果 ps. Phage display 在表現出有構形的 peptide 可能會有困難 可能會有自我篩選效果 降低其 peptide diversity 要有初步實驗結果還不難 但要發 paper.. 有點難 ※ 編輯: skylawer 來自: 140.109.65.76 (02/23 18:37)