※ 引述《reiosea (reiosea)》之铭言： : 各位前辈大家好 : 小弟最近於论文上遇到一个难题。 : 我的硕士论文主要使用phage display技术去筛选可能抑制target protein的peptides。 : 而我所选择的目标主要有一个helix-turn-helix的DNA binding domain，其会与另一个段 : DNA前面的operator结合。我希望能透过找出会与其结合的peptide进而去阻止该protein : 与DNA binding. : 由於一般我听过的Phage display通常以protein-protein interaction为目标。 : 而我现在选择的为DNA-protein interaction : (亦即希望透过peptide与protein结合使其不与DNA结合) : 现在我的疑问是这个helix-turn-helix的DNA binding domain是否能跟Phage外表现 : 的peptide结合，我应该考虑的问题该是什麽？ : 我有尝试想找出类似的实验，有直接以DNA做目标的筛选，却没找到完全一样的文献。 : 希望各位前辈能不吝指教。 -------------------------------------------- 1. 如果预定的 peptide 是要与 DNA binding protein 结合 project 的合理性会被 argue DNA 一般带 negative charge, 相对的可以预估筛选到的 peptide 可能也会 favor 带 negative charge 然而 一般细胞膜通透性来说, 带负电荷的peptide 其通透性相当的差 而如果目的是希望一个带负电荷的 peptide 穿过层层的 membrane (cell membrane, nuclear membrane...) 到达核里跟 target protein 结合 进而到达抑制protein 与 DNA 的 binding 无异缘木求鱼 即便花前与花时间 in vitro 筛选到好的 candidate, 後在再与口试委员或 paper reviewer defense 的时候一定会被电得半死... 且即便此 peptide 在历经千辛万苦运输到核里 也可能被 protease 给降解光光. ............................................. 这似乎不是很有 sense 的研究题目... ---------------------------------------------------------------------- 2. 如果 peptide 是要与 DNA binding, 且预计筛选出来的 folding 是 H-turn-H 那有特殊的 folding 的 peptide 是否容易通过层层膜 运输到核内也是一个考量 一般而言 MW 超过 500 细胞通透性就容易受到质疑 H-turn-H 的分子量要超过 1000 相当容易, 所以size 影响细胞通透性是另一个考量 (sizes 太小 binding specificity 也容易受到质疑) 且 DNA binding protein 其对 DNA 的专一性并不是小范围的 motif 就可以控制 即便最难的细胞通透性与专一性问题克服了 一样有 protease 的问题要考虑 ........................................... 硬要用 phage display 筛选出 peptide, 或多或少会有结果 ps. Phage display 在表现出有构形的 peptide 可能会有困难 可能会有自我筛选效果 降低其 peptide diversity 要有初步实验结果还不难 但要发 paper.. 有点难 ※ 编辑: skylawer 来自: 140.109.65.76 (02/23 18:37)