作者ilpoch (Bagel貓)
看板Biotech
標題[求救] primer3網站版的使用方法?
時間Wed Dec 9 21:32:16 2009
對於設計Primer還是新手，之前完全沒接觸過
實驗室也沒有學長姐可以問= ="
我看到有篇paper的作者用primer3這套軟體設計primer
後來上網搜尋發現有網站版(如下)
http://frodo.wi.mit.edu/primer3/
但是我不知道該如何使用
是這樣的..
我手邊有一些sequence(每一段都是50-bp)
我想要將那50-bp慢慢切，切到Tm值介於57~62度
然後找出Tm值在57~62度之間的sequence
再進一步去做PCR
但是我不知道該如何使用primer3
想請有經驗或做過primer的人教教我該如何做
謝謝，感激不盡：)
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http://www.wretch.cc/album/ilpoch
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 123.192.15.247
1F：→ chaunen:上NCBI>>gene>>找到target gene 注意"物種" 12/14 01:57
2F：→ chaunen:NC_XXXXXX.X >>選fasta >>將整段序列貼到primer3的大框框 12/14 02:01
3F：推 chaunen:再將你的primer貼到left primer和right primer格子中 12/14 02:04
4F：→ chaunen:最後在下面的General Primer Picking Conditions選條件 12/14 02:05
5F：→ chaunen:OK後就送出, 系統會告訴你primer的GC% Tm值 等資訊 12/14 02:08
6F：→ chaunen:若Tm值太高就回上一頁, 刪去1個basepair 再送出 12/14 02:09
7F：→ chaunen:慢慢修改到你要的Tm值, 系統還會顯示primer是否自黏,或 12/14 02:11
8F：→ chaunen:dimer的情形, 大致來說left, right primer Tm值<1度最好 12/14 02:12
9F：→ chaunen:其他數值約<4即可(個人經驗啦) 12/14 02:13
10F：→ chaunen:若怕有2及結構阻擋Tag或其他酵素的前進, 可加2~4%DMSO 12/14 02:14
11F：→ chaunen:效果也不錯, 而在設計PCR cycle時, annealing溫度約是 12/14 02:15
12F：→ chaunen:primer3給的再降個3~5度即可 12/14 02:16