作者ilpoch (Bagel猫)
看板Biotech
标题[求救] primer3网站版的使用方法?
时间Wed Dec 9 21:32:16 2009
对於设计Primer还是新手，之前完全没接触过
实验室也没有学长姐可以问= ="
我看到有篇paper的作者用primer3这套软体设计primer
後来上网搜寻发现有网站版(如下)
http://frodo.wi.mit.edu/primer3/
但是我不知道该如何使用
是这样的..
我手边有一些sequence(每一段都是50-bp)
我想要将那50-bp慢慢切，切到Tm值介於57~62度
然後找出Tm值在57~62度之间的sequence
再进一步去做PCR
但是我不知道该如何使用primer3
想请有经验或做过primer的人教教我该如何做
谢谢，感激不尽：)
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http://www.wretch.cc/album/ilpoch
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 123.192.15.247
1F：→ chaunen:上NCBI>>gene>>找到target gene 注意"物种" 12/14 01:57
2F：→ chaunen:NC_XXXXXX.X >>选fasta >>将整段序列贴到primer3的大框框 12/14 02:01
3F：推 chaunen:再将你的primer贴到left primer和right primer格子中 12/14 02:04
4F：→ chaunen:最後在下面的General Primer Picking Conditions选条件 12/14 02:05
5F：→ chaunen:OK後就送出, 系统会告诉你primer的GC% Tm值 等资讯 12/14 02:08
6F：→ chaunen:若Tm值太高就回上一页, 删去1个basepair 再送出 12/14 02:09
7F：→ chaunen:慢慢修改到你要的Tm值, 系统还会显示primer是否自黏,或 12/14 02:11
8F：→ chaunen:dimer的情形, 大致来说left, right primer Tm值<1度最好 12/14 02:12
9F：→ chaunen:其他数值约<4即可(个人经验啦) 12/14 02:13
10F：→ chaunen:若怕有2及结构阻挡Tag或其他酵素的前进, 可加2~4%DMSO 12/14 02:14
11F：→ chaunen:效果也不错, 而在设计PCR cycle时, annealing温度约是 12/14 02:15
12F：→ chaunen:primer3给的再降个3~5度即可 12/14 02:16