作者Menuet (無聊就是力量)
看板Biotech
標題[求救] Environmental Genomic DNA 無法 amplification
時間Wed Sep 16 20:46:04 2009
抱歉打擾了。
我的實驗是將環境樣本(某種高鹽度底泥)的全部DNA抽出，
並進行metagenomic的研究，
然而因為樣本本身的原因，
用MoBio的 soil DNA isolation kit只能得到濃度大約1 ng/uL 左右的DNA，
這樣是不夠進行pyrosequencing的，
所以我將此濃縮到10 ng/uL的DNA，
並且用Genomiphi的whole genome amplification kit進行增幅，
然而卻永遠沒辦法得到產物(positive control有東西，negative沒有)，
我認為問題應該還是出在樣本本身DNA的萃取，
我也自己modify純化的步驟了，
但還是沒辦法得到產物，
不知道板上有沒有相關領域的板友能提供解決意見的?
小的在此先感謝了!!!
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 142.157.206.12
1F：推 kemp6611:以把你的底泥樣品量增加阿~~然後再濃縮成ㄧ管就可以囉!! 09/16 21:13
2F：→ Menuet:我有用過這種方式，但是Genomiphi Kit沒有辦法做出東西 09/16 21:15
3F：→ Menuet:Genomiphi需要10 ng/uL 1 uL就應該要做得出東西了。 09/16 21:16
4F：推 kemp6611:會不會是因為底泥樣品內有些離子或腐植酸導致實驗失敗? 09/16 22:16
5F：→ kemp6611:我記得Bio-rad有賣去腐植酸的試劑~~可以買來試看看!! 09/16 22:16
6F：→ Menuet:感謝!您說的樣本背景影響也是我現在覺得很有可能的因素， 09/16 22:23
7F：→ Menuet:但是有去掉高濃度離子的kit嗎?因為我樣本中應該比較少腐植 09/16 22:24
8F：推 kemp6611:你明天問一下bio-rad看看吧!!或是賣DNA kit的相關廠商~ 09/16 22:41
9F：推 kemp6611:忘記說了~~泥土易吸附腐植酸~~有機溶液易將腐植酸釋出~ 09/16 22:47