作者Menuet (无聊就是力量)
看板Biotech
标题[求救] Environmental Genomic DNA 无法 amplification
时间Wed Sep 16 20:46:04 2009
抱歉打扰了。
我的实验是将环境样本(某种高盐度底泥)的全部DNA抽出，
并进行metagenomic的研究，
然而因为样本本身的原因，
用MoBio的 soil DNA isolation kit只能得到浓度大约1 ng/uL 左右的DNA，
这样是不够进行pyrosequencing的，
所以我将此浓缩到10 ng/uL的DNA，
并且用Genomiphi的whole genome amplification kit进行增幅，
然而却永远没办法得到产物(positive control有东西，negative没有)，
我认为问题应该还是出在样本本身DNA的萃取，
我也自己modify纯化的步骤了，
但还是没办法得到产物，
不知道板上有没有相关领域的板友能提供解决意见的?
小的在此先感谢了!!!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 142.157.206.12
1F：推 kemp6611:以把你的底泥样品量增加阿~~然後再浓缩成ㄧ管就可以罗!! 09/16 21:13
2F：→ Menuet:我有用过这种方式，但是Genomiphi Kit没有办法做出东西 09/16 21:15
3F：→ Menuet:Genomiphi需要10 ng/uL 1 uL就应该要做得出东西了。 09/16 21:16
4F：推 kemp6611:会不会是因为底泥样品内有些离子或腐植酸导致实验失败? 09/16 22:16
5F：→ kemp6611:我记得Bio-rad有卖去腐植酸的试剂~~可以买来试看看!! 09/16 22:16
6F：→ Menuet:感谢!您说的样本背景影响也是我现在觉得很有可能的因素， 09/16 22:23
7F：→ Menuet:但是有去掉高浓度离子的kit吗?因为我样本中应该比较少腐植 09/16 22:24
8F：推 kemp6611:你明天问一下bio-rad看看吧!!或是卖DNA kit的相关厂商~ 09/16 22:41
9F：推 kemp6611:忘记说了~~泥土易吸附腐植酸~~有机溶液易将腐植酸释出~ 09/16 22:47