作者infinityrain (我是可憐蟲>_<...)
看板Biotech
標題[求救] 如何辨識胺基酸是否為conservative substitution?
時間Fri May 29 03:14:31 2009
我手上已經有幾條定序完成的核酸序列,
我也會用BioEdit把它們轉成amino acid序列並做allignment,
但我想問,有什麼方法可以判斷同一位置上的amino acid substitution是conserved?
用BioEdit可以做到嗎?還是說有其他軟體可以幫助我判斷呢?
麻煩請幫個忙吧,感激不盡!
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◆ From: 61.62.11.165
1F：推 raxjimmy:做完allignment不就會出現結果嗎? 比較多一點相近的物種 05/29 19:55
2F：推 raxjimmy:應該就知道那個aa是不是conserved 還是你是問別的 05/29 19:56
3F：→ infinityrain:我的意思是同一位置雖然有不同胺基酸但對於整體結構 05/30 00:55
4F：→ infinityrain:或功能其實沒影響的conserved substitution, 05/30 00:56
5F：→ infinityrain:例如Val變成Thr(隨便舉例不一定對)可能不影整體結構. 05/30 01:01
6F：→ infinityrain:因為paper裡也沒明講,所以想問這究竟該如何判斷.. 05/30 01:04
7F：推 raxjimmy:喔喔 通常還是靠比對遠近物種判斷 專門實驗室的話就會做 05/30 23:07
8F：推 raxjimmy:mutation來證明 你應該是用比對的吧 比對差異多一點的物 05/30 23:08
9F：推 raxjimmy:種應該就會看到很多訊息了 05/30 23:09