作者infinityrain (我是可怜虫>_<...)
看板Biotech
标题[求救] 如何辨识胺基酸是否为conservative substitution?
时间Fri May 29 03:14:31 2009
我手上已经有几条定序完成的核酸序列,
我也会用BioEdit把它们转成amino acid序列并做allignment,
但我想问,有什麽方法可以判断同一位置上的amino acid substitution是conserved?
用BioEdit可以做到吗?还是说有其他软体可以帮助我判断呢?
麻烦请帮个忙吧,感激不尽!
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◆ From: 61.62.11.165
1F：推 raxjimmy:做完allignment不就会出现结果吗? 比较多一点相近的物种 05/29 19:55
2F：推 raxjimmy:应该就知道那个aa是不是conserved 还是你是问别的 05/29 19:56
3F：→ infinityrain:我的意思是同一位置虽然有不同胺基酸但对於整体结构 05/30 00:55
4F：→ infinityrain:或功能其实没影响的conserved substitution, 05/30 00:56
5F：→ infinityrain:例如Val变成Thr(随便举例不一定对)可能不影整体结构. 05/30 01:01
6F：→ infinityrain:因为paper里也没明讲,所以想问这究竟该如何判断.. 05/30 01:04
7F：推 raxjimmy:喔喔 通常还是靠比对远近物种判断 专门实验室的话就会做 05/30 23:07
8F：推 raxjimmy:mutation来证明 你应该是用比对的吧 比对差异多一点的物 05/30 23:08
9F：推 raxjimmy:种应该就会看到很多讯息了 05/30 23:09