作者ddlittleq (捲頭悶)
看板Biotech
標題[求救] 如何對ChIP後抓下的promoter做PCR?
時間Tue May 12 02:38:26 2009
最近實驗上遇到一些困難 還請各位生化分生的先進 指導不才小弟
我想用ChIP抓下某一個transcrioption factor接合的promoter
但是未有文獻能參考此TF結合上promter的位置
我看過之前有做ChIP技術的paper 是抓下要的片段後 再去PCR
但是我現在困惑的點是 如果要做PCR 勢必要設計一段primer
(由於這是我第一次碰到這麼分生的問題@@" 對primer有著很大的疑問
如果問出很見笑的問題 還請多包含)
問題.
目前我知道primer的BP對應越多 接合越好
雖然已經抓下與TF作用的promoter片段
可是"不知道promoter上是否有多個TF的binding site"
我怕不只抓到一段@@"
由於"抓下來的promoter片段不知道位置"
所以連設計primer都是個大問題
請問各位生化分生的前輩 "有沒有什麼技術能知道TF接合promoter的位置在哪"?
小弟只是個醫技系的大學生 還涉世未深
礙於實驗室經費的限制 為人小的不敢向實驗室提出太大要求
所以也懇請各位大大>"< 能幫我多考量"經費"一項要素 囧rz
由於我們實驗室主軸不是生化分生 所以僅有基本的技術
WB IP PCR qPCR 近期可能會多ChIP
實驗室學長有再考慮加把買進 想多用個EMSA
我雖然有先看過EMSA的原理 不過還是霧煞煞... 也希望高人能對我指點一下這部份...
我印象中學校上課有教到footprinting 但不知道是不是對抓promoter的位置有用處@@
如果上述問題有很多怪怪之處 還請多原諒小弟學不專精阿>"<
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如果能贏 誰想輸...
如果能成功 誰想失敗...
如果未來會更好 誰還會停滯不前...
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.128.140.68
1F：推 bider:如果確定該TF調控基因 那就做promoter deletion做 05/12 18:12
2F：→ bider:promoter assay吧 05/12 18:12
3F：推 bigcat24:想先確定一點 原po確定binding到的是promoter?? 05/13 13:16
4F：→ ddlittleq:如果照文獻看的話 應該是 05/15 23:13
5F：推 xenopus:通常會作ChIP表示你心裡有數這個TF應該是會bind了 05/19 08:51
6F：→ xenopus:真要unbiased來找binding site就做ChIP-chip/seq吧! 05/19 08:54