作者ddlittleq (卷头闷)
看板Biotech
标题[求救] 如何对ChIP後抓下的promoter做PCR?
时间Tue May 12 02:38:26 2009
最近实验上遇到一些困难 还请各位生化分生的先进 指导不才小弟
我想用ChIP抓下某一个transcrioption factor接合的promoter
但是未有文献能参考此TF结合上promter的位置
我看过之前有做ChIP技术的paper 是抓下要的片段後 再去PCR
但是我现在困惑的点是 如果要做PCR 势必要设计一段primer
(由於这是我第一次碰到这麽分生的问题@@" 对primer有着很大的疑问
如果问出很见笑的问题 还请多包含)
问题.
目前我知道primer的BP对应越多 接合越好
虽然已经抓下与TF作用的promoter片段
可是"不知道promoter上是否有多个TF的binding site"
我怕不只抓到一段@@"
由於"抓下来的promoter片段不知道位置"
所以连设计primer都是个大问题
请问各位生化分生的前辈 "有没有什麽技术能知道TF接合promoter的位置在哪"?
小弟只是个医技系的大学生 还涉世未深
碍於实验室经费的限制 为人小的不敢向实验室提出太大要求
所以也恳请各位大大>"< 能帮我多考量"经费"一项要素 囧rz
由於我们实验室主轴不是生化分生 所以仅有基本的技术
WB IP PCR qPCR 近期可能会多ChIP
实验室学长有再考虑加把买进 想多用个EMSA
我虽然有先看过EMSA的原理 不过还是雾煞煞... 也希望高人能对我指点一下这部份...
我印象中学校上课有教到footprinting 但不知道是不是对抓promoter的位置有用处@@
如果上述问题有很多怪怪之处 还请多原谅小弟学不专精阿>"<
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如果能赢 谁想输...
如果能成功 谁想失败...
如果未来会更好 谁还会停滞不前...
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.128.140.68
1F：推 bider:如果确定该TF调控基因 那就做promoter deletion做 05/12 18:12
2F：→ bider:promoter assay吧 05/12 18:12
3F：推 bigcat24:想先确定一点 原po确定binding到的是promoter?? 05/13 13:16
4F：→ ddlittleq:如果照文献看的话 应该是 05/15 23:13
5F：推 xenopus:通常会作ChIP表示你心里有数这个TF应该是会bind了 05/19 08:51
6F：→ xenopus:真要unbiased来找binding site就做ChIP-chip/seq吧! 05/19 08:54