※ 引述《juihhu (...)》之銘言： : 小的最近在做 Human DNA的序列比對 : 把許多條已定序的序列丟進NCBI 作 Blast : 再針對 mismatch 出現的位置作統計， : 結果發現了一些有趣的現象 : 1. mismatch 經常是連續的。舉例來說： : QuerySeq -AATTTTTTTAAA- : || ||| : RefSeq -AAGGGGGGGAAA- : 上方的"QuerySeq" 是我丟進去比對的序列， : 下方的"RefSeq"是NCBI的參考序列 : (當然比對的序列不會這麼短啦，在這裏只是舉例 ^^") : 其中的mismatch有7個，而且它們是連續的。 : 這種連續的mismatch發生的頻率相當地高。 這個很好解釋啊 1, 可能是對到repeat sequence 2. low complexity seq 3. 以基因的特性來就說,本來就容易有module, motif等conserve seq 介於這些區域之間,就是mis match seq啦 4. 你要注意一下mis match 長度若連續再長一點,就會變成不同HSP啦 請先多看一下BLAST 的演算方式,和 molecular evolution, human genomics等 不然我並不覺得這是什麼很驚人的發現... : 2. mismatch 與 mismatch 之間的距離 = 3。舉例來說： : QuerySeq -AATAAGAATCCA- : || || || || : RefSeq -AAGAACAACCCT- : 上面的比對結果共有4個mismatch,而且它們倆倆之間的距離都是3 : 這類情況雖不如上述第一種現象來得頻繁，但也頗常見。 : 綜合以上兩者， : 第二種現象還可以解釋 (從 aa 和演化觀點切入) 這個部份之前有看過有人發表過 做的還比較細 是連translation都考慮進去... 可以找一下文獻 這個文章發在生醫資訊版,你會得到更多的回應的 --

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