※ 引述《juihhu (...)》之铭言： : 小的最近在做 Human DNA的序列比对 : 把许多条已定序的序列丢进NCBI 作 Blast : 再针对 mismatch 出现的位置作统计， : 结果发现了一些有趣的现象 : 1. mismatch 经常是连续的。举例来说： : QuerySeq -AATTTTTTTAAA- : || ||| : RefSeq -AAGGGGGGGAAA- : 上方的"QuerySeq" 是我丢进去比对的序列， : 下方的"RefSeq"是NCBI的参考序列 : (当然比对的序列不会这麽短啦，在这里只是举例 ^^") : 其中的mismatch有7个，而且它们是连续的。 : 这种连续的mismatch发生的频率相当地高。 这个很好解释啊 1, 可能是对到repeat sequence 2. low complexity seq 3. 以基因的特性来就说,本来就容易有module, motif等conserve seq 介於这些区域之间,就是mis match seq啦 4. 你要注意一下mis match 长度若连续再长一点,就会变成不同HSP啦 请先多看一下BLAST 的演算方式,和 molecular evolution, human genomics等 不然我并不觉得这是什麽很惊人的发现... : 2. mismatch 与 mismatch 之间的距离 = 3。举例来说： : QuerySeq -AATAAGAATCCA- : || || || || : RefSeq -AAGAACAACCCT- : 上面的比对结果共有4个mismatch,而且它们俩俩之间的距离都是3 : 这类情况虽不如上述第一种现象来得频繁，但也颇常见。 : 综合以上两者， : 第二种现象还可以解释 (从 aa 和演化观点切入) 这个部份之前有看过有人发表过 做的还比较细 是连translation都考虑进去... 可以找一下文献 这个文章发在生医资讯版,你会得到更多的回应的 --

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