作者umbrally (成長)
看板Biotech
標題[求救] DNA sequence alignment
時間Sun Nov 23 14:00:36 2008
我有16個序列想要比較相似度 Identity
但是一個一個去比實在太慢了
所以我用emma 還有 CLUSTALW
把16個序列一起丟進去比
結果出來的結果是用score表示
例如 Sequences (1:2) Aligned. Score: 81
我不太懂score的意思
它可以換算成identity 嗎??
因為我1和2的敘列用needle去跑是38.8%
用water去跑是63.3%
那我要怎麼用Multiple Sequence Alignment 去得到identity呢?
謝謝^^
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 219.81.146.247
2F：→ enisx:才16條就慢慢做吧!!反正在教授心中學生最多的就是時間 XD 11/23 20:30
3F：推 Ice9:而最少的就是 positive data....orz 11/23 20:54
4F：推 nightcatman:nono... score和Identity有正相關但絕對不是相等 11/24 07:33
5F：→ nightcatman:這講起來很複雜, 建議原po去問老師比較快 11/24 07:34
6F：推 Istyle:clustalw我沒用過 不過clustalx就可以直接看identity和 11/25 12:19
7F：→ Istyle:similarity 11/25 12:19