作者umbrally (成长)
看板Biotech
标题[求救] DNA sequence alignment
时间Sun Nov 23 14:00:36 2008
我有16个序列想要比较相似度 Identity
但是一个一个去比实在太慢了
所以我用emma 还有 CLUSTALW
把16个序列一起丢进去比
结果出来的结果是用score表示
例如 Sequences (1:2) Aligned. Score: 81
我不太懂score的意思
它可以换算成identity 吗??
因为我1和2的叙列用needle去跑是38.8%
用water去跑是63.3%
那我要怎麽用Multiple Sequence Alignment 去得到identity呢?
谢谢^^
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 219.81.146.247
2F：→ enisx:才16条就慢慢做吧!!反正在教授心中学生最多的就是时间 XD 11/23 20:30
3F：推 Ice9:而最少的就是 positive data....orz 11/23 20:54
4F：推 nightcatman:nono... score和Identity有正相关但绝对不是相等 11/24 07:33
5F：→ nightcatman:这讲起来很复杂, 建议原po去问老师比较快 11/24 07:34
6F：推 Istyle:clustalw我没用过 不过clustalx就可以直接看identity和 11/25 12:19
7F：→ Istyle:similarity 11/25 12:19