如果是要作degenerate primer 建議可以在NCBI裡找尋你要作的物種的類似物種 是否已經有序列被發表出來 例如你想作蜜蜂 就去找其他昆蟲類或是節枝動物類同一個基因的序列 然後把找到的這些基因一起作比對 找尋相似度最高的區域 如 大黃蜂 !!@#$$%%^^&$ATCCAATAGGTA!!#@##%$^%^^&*^CCTTATAAT!#@#@$$#^%$&% 螞蟻 @$#@$$%%$^%&ATCCTTTAGGTA@#$#$%%$^%$^%^&CCGGTTAAT#@$#^$%^%&^*( 蜘蛛 @$%#$^%%&%%**^*ATCCGGTAGGTA/$%^&&*(^$$$%CCCCTTAAT@$#$^%&^*&*(*)&*((( 蚊子 #$^%^*&*(*^&%$%ATCCTTTAGGTA#%^$%&^*&(^&&&$%&*CCAGTTAAT%%^%%%%& 瓢蟲 #%^%&^*&^^#ATCCTTTAGGTA#%$^&%^^&^&*^&^CCGATTAAT^%^$%$^&^%%%%% 這時候可以發現有某些區塊是相似度很高的 就把這些區塊抓出來設計primer 以上述為例 我會選擇 ATCCAATAGGTA 和 CCGGTTAAT這兩個區塊設計 但把其中有變異區域以N代替 最後所得到的degenerate primer即為 ATCCNNTAGGTA 和 CCNNATAAT 因為要clone未知片段 所以僅選用單一生物種的基因設計degenerate primer風險較高 故而還是用近似物種比對後的結果 可以成功的機率較大 利用這對 primer所得的片段 如經定序分析後 所得結果與其他物種同一基因之相似度甚高 即可利用此一片段進行5'及3' RACE 就可選殖到你想獲得物種的此基因全長了 這時候你就可以把它upload到genebank 就會得到一個新的acession no 而NCBI上也會留下你的大名的 呵呵 這樣有幫你把作業完成吧? ※ 引述《ftsyice (Matt)》之銘言： : ※ 引述《mitchlai (mitch)》之銘言： : : 假設你要進行大象(pyruvate dehydrogenase)之研究,且該之該酵素胺基酸序列及DNA序列 : : 均未知,請由網路資料庫現有之資訊設計退化性引子,並說明如何應用在PCR方法求得該基 : : 因之全長序列. : : 我只知道去NCBI的網站找~, 在 search 的欄位選擇 gene 這一選項嗎? : : 那FOR 是要打pyruvate dehydrogenase??還是什麼?接下來又該怎麼做? : : 請會的人告訴我~ : : 謝謝~感激 : 1.) : gene輸入pyruvate dehydrogenase : 選取你要的基因，點入。 : 中間有一欄為Genomic regions，選取你要的Form : 點選FASTA，會出現基因序列。 : 選擇NCBI中的BLAST : 將FASTA裡的序列複製到Primer-BLAST or Primer3網站 : 點選，電腦就會幫你把Primer設計出來 : 2.) : 將電腦做出的Primer再去和其他Isoform或別的物種的相同基因進行BLAST : 因為要的是degenerate primers，我們希望都能抓其他相似基因。 : 3.) : 以上順利的話，把此段Primer，去抓你未知的DNA序列。 : 順利抓到的話，再做Inverse PCR應可知道此基因的序列。 : PS : 術語盡量用英文，退化性引子我第一次聽到。 : NCBI中找到的序列，可以取變異性較小的片段來做Primer。 : 以上是我推論的，可行性不知，有錯請指教。 --

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