如果是要作degenerate primer 建议可以在NCBI里找寻你要作的物种的类似物种 是否已经有序列被发表出来 例如你想作蜜蜂 就去找其他昆虫类或是节枝动物类同一个基因的序列 然後把找到的这些基因一起作比对 找寻相似度最高的区域 如 大黄蜂 !!@#$$%%^^&$ATCCAATAGGTA!!#@##%$^%^^&*^CCTTATAAT!#@#@$$#^%$&% 蚂蚁 @$#@$$%%$^%&ATCCTTTAGGTA@#$#$%%$^%$^%^&CCGGTTAAT#@$#^$%^%&^*( 蜘蛛 @$%#$^%%&%%**^*ATCCGGTAGGTA/$%^&&*(^$$$%CCCCTTAAT@$#$^%&^*&*(*)&*((( 蚊子 #$^%^*&*(*^&%$%ATCCTTTAGGTA#%^$%&^*&(^&&&$%&*CCAGTTAAT%%^%%%%& 瓢虫 #%^%&^*&^^#ATCCTTTAGGTA#%$^&%^^&^&*^&^CCGATTAAT^%^$%$^&^%%%%% 这时候可以发现有某些区块是相似度很高的 就把这些区块抓出来设计primer 以上述为例 我会选择 ATCCAATAGGTA 和 CCGGTTAAT这两个区块设计 但把其中有变异区域以N代替 最後所得到的degenerate primer即为 ATCCNNTAGGTA 和 CCNNATAAT 因为要clone未知片段 所以仅选用单一生物种的基因设计degenerate primer风险较高 故而还是用近似物种比对後的结果 可以成功的机率较大 利用这对 primer所得的片段 如经定序分析後 所得结果与其他物种同一基因之相似度甚高 即可利用此一片段进行5'及3' RACE 就可选殖到你想获得物种的此基因全长了 这时候你就可以把它upload到genebank 就会得到一个新的acession no 而NCBI上也会留下你的大名的 呵呵 这样有帮你把作业完成吧? ※ 引述《ftsyice (Matt)》之铭言： : ※ 引述《mitchlai (mitch)》之铭言： : : 假设你要进行大象(pyruvate dehydrogenase)之研究,且该之该酵素胺基酸序列及DNA序列 : : 均未知,请由网路资料库现有之资讯设计退化性引子,并说明如何应用在PCR方法求得该基 : : 因之全长序列. : : 我只知道去NCBI的网站找~, 在 search 的栏位选择 gene 这一选项吗? : : 那FOR 是要打pyruvate dehydrogenase??还是什麽?接下来又该怎麽做? : : 请会的人告诉我~ : : 谢谢~感激 : 1.) : gene输入pyruvate dehydrogenase : 选取你要的基因，点入。 : 中间有一栏为Genomic regions，选取你要的Form : 点选FASTA，会出现基因序列。 : 选择NCBI中的BLAST : 将FASTA里的序列复制到Primer-BLAST or Primer3网站 : 点选，电脑就会帮你把Primer设计出来 : 2.) : 将电脑做出的Primer再去和其他Isoform或别的物种的相同基因进行BLAST : 因为要的是degenerate primers，我们希望都能抓其他相似基因。 : 3.) : 以上顺利的话，把此段Primer，去抓你未知的DNA序列。 : 顺利抓到的话，再做Inverse PCR应可知道此基因的序列。 : PS : 术语尽量用英文，退化性引子我第一次听到。 : NCBI中找到的序列，可以取变异性较小的片段来做Primer。 : 以上是我推论的，可行性不知，有错请指教。 --

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