作者higamanami (大眼埃及貓)
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標題[求救] ChIP的用途?
時間Thu Oct 9 22:00:39 2008
以前上課是學到可看特定蛋白bind在DNA的哪個位置
在看文獻中 例如
A sumoylation-dependent pathway mediating transrepression of
inflammatory response genes by PPARγNature.
2005 September 29; 437(7059): 759–763
發現還可以用ChIP來看某個蛋白是否在transcription complex裡
可是我和同學們都沒做過
不知道是在哪一步把蛋白來做WESTERN BLOT
還有input是positive control
看到western 的圖也有load input 不知道是用甚麼抗體來認
還有請問像這種方法可以半定量嗎
譬如說在A條件下 這蛋白被Recruit到transcription factor complex的多少
和B條件下 可以做比較嗎 用甚麼當internal standard呢
麻煩有做過的板友回答一下
多謝
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◆ From: 59.117.211.94
※ 編輯: higamanami 來自: 59.117.211.94 (10/09 22:01)
※ 編輯: higamanami 來自: 59.117.211.94 (10/09 22:12)
1F：→ higamanami:好像把cross linking reverse時用加熱不用preteinase K 10/10 19:53
2F：→ higamanami:但不知道怎麼分離chromatin 和 上面的蛋白? 10/10 19:54
3F：推 blence:你把每個CHIP看到的band當作是PCR產物去解讀實驗才是對的 10/10 20:38
4F：→ blence:input是指CHIP前lysate的DNA量,而沒band代表該蛋白不在序列 10/10 20:43
5F：→ higamanami:可是......好像不是這樣 文章都說ChIP來看這蛋白 10/10 21:09
6F：→ higamanami:有沒有被Recruit到基因的promoter上 10/10 21:10
7F：推 blence:那band是CHIP後的PCR產物,不同意以上觀點的話當然就看不懂 10/10 21:56
8F：→ higamanami:這篇有關ChIP的圖都有Anti-IgG anti-HA 是甚麼呢 10/10 22:06
9F：→ higamanami:是看蛋白的樣子 也不是看DNA的位置 10/10 22:07
10F：推 blence:不用anti-xxx怎麼做CHIP呢? 你怎麼不說每個lane都放了數種 10/10 22:19
11F：→ blence:IgG抗體? 以上也夠了,這種事情不需要陷入是WB或PCR的討論 10/10 22:23
12F：→ higamanami:可能是我搞錯了 是用不同的抗體 來看promoter occpancy 10/10 22:44
13F：→ higamanami:不好意思 以前沒學過可以用來看這個 10/10 22:45