作者higamanami (大眼埃及猫)
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标题[求救] ChIP的用途?
时间Thu Oct 9 22:00:39 2008
以前上课是学到可看特定蛋白bind在DNA的哪个位置
在看文献中 例如
A sumoylation-dependent pathway mediating transrepression of
inflammatory response genes by PPARγNature.
2005 September 29; 437(7059): 759–763
发现还可以用ChIP来看某个蛋白是否在transcription complex里
可是我和同学们都没做过
不知道是在哪一步把蛋白来做WESTERN BLOT
还有input是positive control
看到western 的图也有load input 不知道是用甚麽抗体来认
还有请问像这种方法可以半定量吗
譬如说在A条件下 这蛋白被Recruit到transcription factor complex的多少
和B条件下 可以做比较吗 用甚麽当internal standard呢
麻烦有做过的板友回答一下
多谢
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◆ From: 59.117.211.94
※ 编辑: higamanami 来自: 59.117.211.94 (10/09 22:01)
※ 编辑: higamanami 来自: 59.117.211.94 (10/09 22:12)
1F：→ higamanami:好像把cross linking reverse时用加热不用preteinase K 10/10 19:53
2F：→ higamanami:但不知道怎麽分离chromatin 和 上面的蛋白? 10/10 19:54
3F：推 blence:你把每个CHIP看到的band当作是PCR产物去解读实验才是对的 10/10 20:38
4F：→ blence:input是指CHIP前lysate的DNA量,而没band代表该蛋白不在序列 10/10 20:43
5F：→ higamanami:可是......好像不是这样 文章都说ChIP来看这蛋白 10/10 21:09
6F：→ higamanami:有没有被Recruit到基因的promoter上 10/10 21:10
7F：推 blence:那band是CHIP後的PCR产物,不同意以上观点的话当然就看不懂 10/10 21:56
8F：→ higamanami:这篇有关ChIP的图都有Anti-IgG anti-HA 是甚麽呢 10/10 22:06
9F：→ higamanami:是看蛋白的样子 也不是看DNA的位置 10/10 22:07
10F：推 blence:不用anti-xxx怎麽做CHIP呢? 你怎麽不说每个lane都放了数种 10/10 22:19
11F：→ blence:IgG抗体? 以上也够了,这种事情不需要陷入是WB或PCR的讨论 10/10 22:23
12F：→ higamanami:可能是我搞错了 是用不同的抗体 来看promoter occpancy 10/10 22:44
13F：→ higamanami:不好意思 以前没学过可以用来看这个 10/10 22:45