作者keukeu (GO PUNK!)
看板Biotech
標題[求救] 請問promoter位置的推算 (已爬文)
時間Thu Sep 18 01:16:40 2008
之前要做promoter methylation的實驗
必須design BSP
學姐跟老師教我的時候
是先到NCBI裡找基因的方向(熊熊忘記專業的說法該怎麼說^^|||)
然後從基因讀的方向反推約2000 bp的序列
在將這個序列丟進Methprimer去找CpG island跟設計primer
我的問題是...
為什麼是反推2000 bp呢? (好像有人是反推1000bp)
那2000 bp的序列就一定包含此基因promoter的序列了嗎?
因為我一直認為這長度就一定可以含promoter序列了...
最近要找一個基因是否他的promoter有特殊的transcription factor binding site
所以我就用同樣的方法 不同的只是把序列丟到TF binding site的database去search
但得到的結果跟人家發表過的結果不一樣 >0<
後來我找到ㄧ個gene promoter的database
http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=searchPromForm
把我的基因名稱丟進去後發現...
他跑出來的promoter序列比我推算的2000 bp還後面
而這個序列就有包含paper做過的那個TF binding site了
所以...
不管是要設計BSP還是找TF binding site
都要先找出或predict promoter的位置跟序列嗎?
有點落落長....
感謝大家解答....呼....
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 59.120.112.102
1F：推 mzac1b:目前預測技術無法準確預測promoter 的位置 09/18 17:16
2F：→ mzac1b:TF結合位置預測也很準確 且軟體不同結果也不同 09/18 17:17
3F：→ mzac1b:預測基因啟動子範圍也只是大略猜測長度 猜個範圍而已 09/18 17:20
4F：→ mzac1b:2F寫錯, @.@ 無法很準確 09/18 17:22
5F：→ keukeu:謝謝:) 目前大概知道問題出在哪了... 09/18 22:42