作者keukeu (GO PUNK!)
看板Biotech
标题[求救] 请问promoter位置的推算 (已爬文)
时间Thu Sep 18 01:16:40 2008
之前要做promoter methylation的实验
必须design BSP
学姐跟老师教我的时候
是先到NCBI里找基因的方向(熊熊忘记专业的说法该怎麽说^^|||)
然後从基因读的方向反推约2000 bp的序列
在将这个序列丢进Methprimer去找CpG island跟设计primer
我的问题是...
为什麽是反推2000 bp呢? (好像有人是反推1000bp)
那2000 bp的序列就一定包含此基因promoter的序列了吗?
因为我一直认为这长度就一定可以含promoter序列了...
最近要找一个基因是否他的promoter有特殊的transcription factor binding site
所以我就用同样的方法 不同的只是把序列丢到TF binding site的database去search
但得到的结果跟人家发表过的结果不一样 >0<
後来我找到ㄧ个gene promoter的database
http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=searchPromForm
把我的基因名称丢进去後发现...
他跑出来的promoter序列比我推算的2000 bp还後面
而这个序列就有包含paper做过的那个TF binding site了
所以...
不管是要设计BSP还是找TF binding site
都要先找出或predict promoter的位置跟序列吗?
有点落落长....
感谢大家解答....呼....
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◆ From: 59.120.112.102
1F：推 mzac1b:目前预测技术无法准确预测promoter 的位置 09/18 17:16
2F：→ mzac1b:TF结合位置预测也很准确 且软体不同结果也不同 09/18 17:17
3F：→ mzac1b:预测基因启动子范围也只是大略猜测长度 猜个范围而已 09/18 17:20
4F：→ mzac1b:2F写错, @.@ 无法很准确 09/18 17:22
5F：→ keukeu:谢谢:) 目前大概知道问题出在哪了... 09/18 22:42